哺乳动物染色体断裂区域的识别及相关基因分析

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在物种的进化过程中,我们对于哺乳动物染色体的同源共线区的保守性以及高频率的断裂点重复等这些特征的研究不够深入。为了更好的理解影响染色体结构进化的动力,在分辨率为500Kbp的基础上,我们比较了12个脊椎动物(人类,黑猩猩,猩猩,恒河猴,小鼠,大鼠,牛,猪,狗,马,负鼠,鸡)的同源共线关系。通过分析,在所有的基因组的配对比较中识别了2092个同源共线区块(HSBs)和1041个染色体进化断裂区(EBRs)。在对大于3Mbp的多物种同源共线区块和小于1Mbp的染色体进化断裂点区域内及其附近的基因进行基因本体论注释分类后得到以下结果,多物种同源共线区块内及其附近的基因一般都与生物体中央神经,信号转导以及其他生物体发育有关,而进化断裂点区域内及其附近的基因则与生物体的功能适应性及反应有关。
摘要第5-6页
Abstract第6页
第一章 文献综述第8-18页
    1.1 物种概念及生殖隔离第9-10页
    1.2.染色体重排类型第10-11页
    1.3.染色体重排的检测第11页
    1.4.染色体重排机理第11-12页
    1.5.影响染色体重排速率的因素第12-13页
        1.5.1.突变速率第12页
        1.5.2.固定速率第12-13页
    1.6.物种形成类型第13页
    1.7.染色体成种模型第13-14页
        1.7.1 杂种功能缺陷模型第14页
        1.7.2 抑制重组模型第14页
    1.8 染色体重排形成隔离原理第14-16页
        1.8.1 染色体重排对杂种适合度的影响第14-15页
        1.8.2 染色体重排对基因流的影响第15-16页
    1.9 染色体重排与不同因素的关系第16-18页
第二章 材料和方法第18-23页
    2.1 材料第18-19页
        2.1.1 物种选择第18页
        2.1.2 数据来源第18-19页
    2.2 方法第19-23页
        2.2.1 数据处理以及 HSBs 的生成第19页
        2.2.2.对于 HSB 进行识别的定义和规则第19-20页
        2.2.3.断裂点分类及分析第20页
        2.2.4.HSBs 以及进化断裂点区域的可视化第20-21页
        2.2.5.EBR 和 msHSB 内及其附近的基因功能注释第21-22页
        2.2.6 Genecodis 检测第22-23页
第三章 结果与讨论第23-31页
    3.1 结果第23-28页
        3.1.1 HSBs 及 EBRs 的识别与鉴定第23-25页
        3.1.2 脊椎动物多物种同源 HSBs第25页
        3.1.3 msHSBs 和 EBRs 的基因分类第25-28页
    3.2 讨论第28-31页
第四章 结论第31-32页
参考文献第32-35页
致谢第35-36页
作者简介第36页
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