水稻绒毡层细胞程序性死亡调控育性的分子机理研究

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水稻是重要的粮食作物,同时也是单子叶植物尤其是禾谷类作物研究的模式植物。随着水稻全基因组序列测序的完成和不同水稻品种深度测序的相继展开,水稻功能基因组的研究进入一个新的阶段。大规模的T-DNA插入失活突变体成为水稻功能基因组研究的重要平台之一。本研究通过筛选本室构建的水稻T-DNA插入突变体库,得到一个突变表型为雌雄不育的突变体osapi5-1,且突变表型和T_DNA插入共分离。对osapi5-1突变体的细胞学和组织化学分析结果显示造成雄性不育的原因是花药绒毡层PCD过程受到抑制,使绒毡层的降解受到部分抑制和推迟,最终导致花粉的败育。雌性不育的原因是减数分裂后形成的功能大孢子由于未知的原因降解,最终导致osapi5-1突变体胚囊的败育。功能互补试验和RNAi抑制结果确定OsAPl5基因的功能失活导致osapi5-1的雌雄不育。OsAPI5基因编码一个注释为细胞凋亡抑制因子5(Apoptos isinhibitor 5)的具有转录激活活性的核蛋白,进化树显示这一类蛋白广泛的存在于原生生物、植物和动物中,是一个古老保守的蛋白家族,水稻基因组内只有一个拷贝的该类基因。QRT-PCR结果显示OsAPI5基因是一个组成型表达的基因,但是原位杂交的证据支持OsAPI5基因在花药绒毡层和胚囊中的表达是相对特异的。我们利用酵母双杂交的方法分离到OsAPI5的两个互作蛋白AIP1和AIP2(Api5 Interacting Protein).AIP1和AIP2是都编码433个氨基酸的蛋白,它们被注释为依赖于ATP的含有DEAD盒RNA解螺旋酶(Dead-box ATP-dependent RNA Helicase).AIP1和AIP2之间只有3个氨基酸的差异,且这些差异的氨基酸不影响AIP1和AIP2与OsAPI5之间的互作。随后我们利用荧光双分子互补试验(Bimolecular Fluorescence Complementation,BiFC)和免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation,Co-IP)在体内和体外分别证实了AIP1和AIP2与OsAPI5之间的互作。QRT-PCR结果显示AIP1/2同样是组成型表达的基因。AIP1/2定位到拟南芥原生质体的细胞核和细胞质内。而二聚体化的AIP1/2特异的定位到拟南芥原生质体的细胞核内。利用人工微RNA(Artificial micro RNA)技术同时抑制AIP1/2也会使转基因植株产生不育的表型,而且造成不育的细胞学基础也是由于绒毡层推迟降解导致的。通过酵母缺失突变体的互补试验证实AIP1/2是酵母SUB2p的直向同源基因。为了研究OsAPI5-AIP1/2复合体参与的控制水稻雌雄不育的分子路径,我们分析了osapi5-1突变体和野生型之间的全基因组表达谱差异,与野生型相比,OsCP1基因在osapi5-1突变体中下降表达2倍以上,进一步用QRT-PCR重新验证了OSCP1基因在osapi5-1突变体和育性下降的AmiRNA-AIP1/2转基因植株中都是下降表达的。有研究报道显示OsCP1基因编码一个半胱氨酸蛋白酶,其下降表达会造成水稻的花药绒毡层推迟降解,进而导致水稻育性下降。随后,采用酵母单杂交的方法证实AIP1/2可以在酵母体内特异地结合到OsCP1基因的启动子区域。同时,凝胶阻滞(Electrophoretic Mobility Shift Assay,EMSA)和染色质免疫共沉淀结果证实在体外和体内AIP1/2和OsCP1基因的启动子区域CP1-P-1之间的特异互作。综合以上结果,OsAPI5-AIP1/2复合体好像一个体内天然存在的“杂合”转录因子,通过结合到靶基因OsCP1基因的启动子区域,通过调控靶基因的表达控制育性。这些结果使我们能更深入的了解OsAPI5、AIP1/2和OsCP1基因的功能及其相互作用关系,为认识水稻育性控制的分子机理提供了重要的知识。
摘要第7-9页
Abstract第9-10页
缩略表第11-12页
1 前言第12-34页
    1.1 突变体在水稻功能基因组研究中的角色第12-18页
    1.2 植物花药发育调控第18-29页
        1.2.1 植物花药发育的细胞学过程第18-21页
        1.2.2 调控植物花药发育的分子机理第21-29页
            1.2.2.1 减数分裂前花药发育分子机理第21-24页
            1.2.2.2 减数分裂后花药发育分子机理第24-26页
            1.2.2.3 花粉发育分子机理第26-28页
            1.2.2.4 激素调控花药发育第28-29页
    1.3 植物胚囊发育调控第29-33页
        1.3.1 植物胚囊的发育过程第29-30页
        1.3.2 植物胚囊发育的分子机理第30-33页
    1.4 研究目的和意义第33-34页
2 材料与方法第34-49页
    2.1 实验材料第34-35页
        2.1.1 植物材料第34页
        2.1.2 质粒载体和菌株第34-35页
    2.2 实验方法第35-49页
        2.2.1 突变体的种植及筛选第35页
        2.2.2 水稻叶片小样DNA(少量)的抽提及PCR阳性检测第35-36页
        2.2.3 大量分离水稻T-DNA插入突变体侧翼序列第36-37页
        2.2.4 突变家系的突变表型与T-DNA插入的共分离分析第37页
        2.2.5 水稻各组织总RNA抽提,检测及浓度测定第37页
        2.2.6 反转录和定量PCR第37-39页
        2.2.7 遗传转化载体的构建及转化方法第39-41页
            2.2.7.1 互补载体pC2301-OsAPI5的构建第39-40页
            2.2.7.2 双链RNAi载体pDS1301-OsAPI5的构建第40页
            2.2.7.3 超量表达OsAPl5载体(pU1301-API5)的构建第40页
            2.2.7.4 同时抑制AIP1和AIP2两个基因表达的人工miRNA载体pU1301-amiRNA-AIP1/2的构建第40-41页
        2.2.8 OsAPl5基因的进化分析第41页
        2.2.9 OsAPl5基因全长编码序列的确定第41-42页
        2.2.10 osapi5突变体的细胞学鉴定第42-43页
        2.2.11 TUNEL检测突变体和野生型花药绒毡层PCD第43页
        2.2.12 Comet Assay定量检测花药组织DNA断裂程度第43页
        2.2.13 组织原位杂交第43页
        2.2.14 亚细胞定位分析第43-44页
        2.2.15 OsAPI5的转录激活活性检测第44-45页
        2.2.16 酵母双杂交筛选OsAPI5的互作蛋白第45页
        2.2.17 荧光双分子互补试验(BiFC)体内验证蛋白之间的互作第45页
        2.2.18 免疫共沉淀(Co-IP)体外验证蛋白之间的互作第45-46页
        2.2.19 酵母sub2突变体的互补试验第46页
        2.2.20 酵母单杂交试验第46-47页
        2.2.21 凝胶阻滞(EMSA)体外验证AIP1和OsCP1启动子的互作第47页
        2.2.22 免疫共沉淀体内验证AIP1与OsCP1启动子的互作第47-49页
            2.2.22.1 AIP1抗体的制备和特异亲和纯化第47-48页
            2.2.22.2 染色质免疫共沉淀(ChIP,Chromatin Immunoprecipitation)第48-49页
3 结果与分析第49-90页
    3.1 突变体库TO代植株T-DNA阳性检测及其侧翼序列的分离第49页
    3.2 一个不育突变体osapi5-1的筛选获得第49-52页
    3.3 osapi5-1突变体T-DNA侧翼序列的分离及其不育表型的共分离验证第52-54页
    3.4 等位突变体osapi5-2的鉴定第54-55页
    3.5 双链RNAi抑制OsAPI5的表达导致不育第55-56页
    3.6 OsAPI5的功能失活导致水稻不育第56-58页
    3.7 花药绒毡层的推迟降解导致osapi5-1雄性不育第58-61页
    3.8 功能大孢子的降解导致osapi5-1突变体雌性不育第61-62页
    3.9 扫描电镜观察osapi5-1突变体花药第62-63页
    3.10 透射电镜观察osapi5-1突变体花药第63-66页
    3.11 osapi5-1绒毡层的PCD过程受到抑制导致其降解推迟第66-68页
    3.12 OsAPl5的表达分析第68-70页
    3.13 超量表达OsAPl5不会影响植物生长发育第70-72页
    3.14 OsAPI5编码一个有转录激活活性的核蛋白第72-74页
    3.15 OsAPI5属于一个古老保守的蛋白超家族第74-75页
    3.16 OsAPI5与AIP1和AIP2在体内与体外互作第75-77页
    3.17 AIP1/2的抑制表达导致水稻雄性不育第77-78页
    3.18 AIP1/2的表达谱和亚细胞定位第78-82页
    3.19 AIP1/2是酵母SUB2的直向同源基因第82-83页
    3.20 AIP1/2和OsCP1基因的启动子直接互作第83-87页
    3.21 OsAPI5-AIP1/2和TDR两个调控路径的关系第87-89页
    3.22 OsAPI5-AIP1/2控制花药绒毡层降解的分子模型第89-90页
4 讨论第90-97页
    4.1 水稻T-DNA插入突变体库利用的现状及展望第90页
    4.2 绒毡层的PCD过程受到抑制导致osapi5雄性不育第90-93页
    4.3 OsAPI5属于一个古老保守的基因家族第93-94页
    4.4 AIP1/2的功能第94-95页
    4.5 展望第95-97页
        4.5.1 OsAPI5-AIP1/2控制胚囊发育过程第95页
        4.5.2 OsAPI5-AIP1/2控制淀粉代谢过程第95-96页
        4.5.3 OsAPI5-AIP1/2复合体中其它组份第96页
        4.5.4 OsAPI5-AIP1/2复合体调控的下游基因第96页
        4.5.5 AIP1/2在细胞质的功能第96-97页
参考文献第97-109页
附录1第109-131页
附录2第131-133页
致谢第133页
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