第一部分染色体9p21基因多态性与冠心病及缺血性卒中的关系研究[背景]冠心病与卒中是世界范围内与肿瘤同列死亡率前位的复杂疾病,均由遗传因素、环境及生活方式共同作用而致病,关于这两种疾病的发病机制有相当部分需要用遗传背景来解释。近年来全基因组关联研究发现位于9p21的单核苷酸多态性(SNP)与冠心病的易感性相关,但多为欧美人群的研究或者后期的重复验证结果,缺乏中国汉族人群的资料,部分易感位点在中国汉族人群中尚未涉及。缺血性卒中与冠心病在病因学和发病机制上有共同点,但9p21与缺血性卒中的研究尚无明确一致的结论,在中国汉族人群中亦缺少研究资料。[目的]观察9p21部分SNP在广西汉族人群中的等位基因频率与基因型分布,研究其与冠心病及缺血性卒中易感性的关联。[方法]本研究是基于广西地区汉族群体的病例-对照研究,共收集样本1675例,其中冠心病患者565例,缺血性卒中患者569例,正常对照541例。以调查问卷形式收集研究对象一般信息及临床资料,提取全血基因组DNA。选择染色体9p21区域的3个标签SNP：rsl333040、rs4977574以及rs1333042,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对样本进行三位点的基因分型,描述其基因型分布特征。建立遗传模型分析单位点与冠心病以及缺血性卒中易感性的关联,对显著性强的关联位点进行分层分析以明确与已知危险因素间是否存在交互作用。[结果]在关于冠心病易感性的病例对照研究中,各SNPs基因型及等位基因频率分布在病例组与对照组中均处于遗传平衡状态,所选择的样本具有群体代表性。rs1333040、rs4977574和rs1333042SNPs的基因型频率分布在冠心病组与对照组中均有统计学差异,P值分别为0.035、0.006和0.021。其中rs4977574的P)值经Bonferroni法校正后为0.018；rs1333040在显性模型(校正OR=1.79,95%CI=1.12-2.88)、共显性模型(TT vs.CC：校正OR=1.84,95%CI=1.13-3.01)下表现出与冠心病易感性的关联。T等位基因表现出风险效应；rs4977574G等位基因在加性模型(校正OR=1.27,95%CI=1.06-1.53)、显性模型(校正OR=1.52,95%CI=1.11-2.07)以及共显性模型(GG vs.AA：校正OR=1.64,95%CI=1.14-2.37；AG vs.AA：校正OR=1.44,95%CI=1.04-2.02)中表现出冠心病风险效应；而rs1333042SNP与冠心病的关联表现在加性模型(校正OR=1.27,95%CI=1.04-1.56)、显性模型(校正OR=1.83,95%CI=1.16-2.89)以及共显性模型(GG vs.AA：校正OR=1.92,95%CI=1.20-3.08；AG vs.AA：校正OR=1.73,95%CI=1.06-2.80)中。分层分析显示,rs4977574GG基因型的冠心病罹患风险更多的表现在男性、年龄>60岁、BMI>24、非吸烟、非高血压及非高脂血症的个体中；且与年龄存在弱的交互作用(P=0.022)。在9p21与缺血性卒中的研究中,仅rs4977574基因型频率在对照和病例组的分布有统计学意义(P=0.015),P值经Bonferroni法校正后仍显著(P=0.045)；单个SNP分析显示,该SNP与缺血性卒中易感性有关,在加性(校正OR=1.27,95%CI=1.06-1.52)、显性(校正OR=1.51,95%CI=1.12-2.03)以及共显性(GG vs.AA：校正OR=1.63,95%CI=1.14-2.33；AG vs.AA：校正OR=1.44,95%CI=1.05-1.98)遗传模式中表现出风险效应。分层分析显示,男性、年龄＞60岁、BMI＞24、以及不吸烟、不伴有高血压、高脂血症以及糖尿病的个体中,携带rs4977574GG基因型的个体较之AA基因型者有更高的缺血性卒中罹患风险；但该位点与这些危险因素之间并无交互作用。[结论]本研究的结论表明,染色体9p21的基因多态性与广西汉族人群冠心病和缺血性卒中的易感性有关。但与冠心病的关联更显著。[背景]除9p21外,人类9号染色体上的基因三磷酸腺苷结合盒转运子1(ATP-binding cassette transporter A1,ABCA1)编码的蛋白参与人体内脂质代谢,与血浆脂质稳态以及动脉硬化发展相关,可影响冠心病及缺血性卒中的易感性,但在不同人群中研究结论不十分一致。[目的]探讨ABCA1基因多态性与广西汉族人群血脂水平以及冠心病及缺血性卒中易感性的关系。[方法]本文采取两阶段的研究方法,第一阶段采取分层抽样的方法,选取646例健康汉族人DNA样本,对ABCA1基因外显子区以及启动子区的两个标签SNPsrs2066715和rs2740483采用PCR-RFLP法进行基因分型,并分析基因型与血脂水平的关系。随后在第二阶段利用本文第一部分所描述的冠心病患者、缺血性卒中患者以及正常对照DNA样本及临床资料,对rs2066715和rs2740483SNP进行基因分型,验证正常对照组中基因型与血脂水平的关系,并分析其与冠心病及缺血性卒中易感性的相关性。[结果]第一阶段的研究结果显示,rs2066715基因型与血清高密度脂蛋白-胆固醇(HDL-C)和载脂蛋白(Apo)A1水平相关,A等位基因携带者中血清HDL-C和ApoA1水平较低(分别P=0.023和0.027)；在男性中更显著(分别P=0.029和0.049)。rs2740483基因型分布与血脂水平无统计学关联。在第二阶段研究中,单SNP分析结果显示,在正常对照组中,rs2066715基因型与血清HDL-C和ApoA1相关(分别P=0.002和0.004)；但无论是基因型频率还是等位基因频率在两种疾病与对照中均无显著性差异,在不同遗传模型中进一步分析显示该SNP与冠心病及缺血性卒中的易感性无相关性(P>0.05)；而rs2740483等位基因和基因型频率在冠心病与对照组的比较中均有差异(分别P=0.016和0.034)；校正传统危险因素后,在加性(OR=0.74,95%CI=0.59-0.94)、共显性(CC vs.GG：OR=0.43,95%CI=0.22-0.83)以及隐性模型(OR=0.46,95%CI=0.24-0.89)中差异有统计学意义,C等位基因对冠心病具有保护效应。在与缺血性卒中的关联分析中,rs2740483等位基因及基因型频率在病例与对照中分布有差异,P<0.001；在不同遗传模型下也显示,该SNP不仅在共显性模型(CC vs.GG： OR=0.22,95%CI=0.10-0.49；GC vs.GG：OR=0.64,95%CI=0.48-0.89)、显性模型(GC/CC vs.GG=0.58,95%CI=0.44-0.76)下表现出保护效应,在隐性模型(OR=0.25,95%CI=0.11-0.56)以及加性模型(OR=0.58,95%CI=0.46-0.73)中差异也具有统计学意义,C等位基因携带者发生冠心病及缺血性卒中的风险较野生型携带者为低。分层分析显示,两组研究中,rs2740483GC/CC的保护效应在BMI>24的人群中明显。但仅在缺血性卒中组该位点表现出与BMI弱的交互作用。[结论]以上研究结果表明：ABCA1基因部分多态性位点与正常人血脂水平相关,ABCA1rs2740483与冠心病和缺血性卒中相关,携带野生型等位基因的个体有更高的罹患风险。[背景]基因-基因交互作用在复杂疾病的发生中起重要作用。本部分在前期工作的基础上,针对染色体9p21和ABCA1基因多态性与冠心病及缺血性卒中的关系进行了基因-基因交互作用分析。[目的]对9p21和ABCA1基因进行交互作用分析,探讨基因交互作用与冠心病和缺血性卒中易感性的关联。[方法]利用先前第一、第二部分的基因分型结果以及临床资料,运用多因子降维法分别分析在冠心病和缺血性卒中两种疾病中5个SNPs的交互作用,并建立逻辑回归方程进行验证。[结果]预测冠心病风险的最佳两因子模型是rs1333040和rs1333042,交叉验证一致性10/10,预测准确率56.6%；预测缺血性卒中的最佳模型亦为rs1333040和rs1333042组成的两因子模型(交叉验证一致性10/10,预测准确率60.1%),由rs1333040、rs1333042、rs2066715和rs2740483组成的四因子模型与冠心病的易感性亦有关联,逻辑回归分析显示上述三个模型中的因子之间具有相乘交互作用。[结论]在冠心病和缺血性卒中两组疾病中最佳基因-基因互作两因子模型由rs1333040与rs1333042组成,至少在统计学上,基因内部的交互作用在冠心病与缺血性卒中的发病中可能起着协同作用。进一步明确其生理作用具有重要意义。
