水稻叶形及产量相关性状主效QTL的精细定位与功能分析

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株型改良是提高水稻产量的重要途径之一,适当的叶形和株高对于提升冠层的光合利用率、促进作物增产具有积极的作用。QTL定位是解析水稻复杂农艺性状遗传基础的主要手段之一。前期,我们利用优良籼稻保持系珍汕97和株叶形态优良的强势恢复系93-11为亲本构建回交重组自交系,并对一系列株型性状和产量相关性状进行QTL定位,发现许多一因多效或多基因紧密连锁的QTL区段控制水稻株型和产量相关性状。在此基础上,本研究主要针对位于第一和第8染色体上的两个效应较大的QTL簇进行精细定位和图位克隆,解析水稻株叶形态及产量形成的分子遗传基础,为水稻高产分子育种提供有用的靶基因。主要结果如下:1.针对第1染色体短臂RM283—RM8083区间上同时控制剑叶长宽、一二次枝梗数和穗重的QTL簇,通过筛选高世代回交群体中重组交换单株,构建覆盖该区段的纯合染色体片段代换系,以及利用后代家系测验的方法缩小和锚定目的基因的位置,将控制剑叶长度的QTL (qFL1)精细定位在约31.3kb的范围内,该区域包含了4个候选基因。条件QTL分析发现,qFL1很可能是一个同时控制叶片大小和产量相关性状的多效性基因。另外,与qFLl紧密连锁的区段还存在一个影响剑叶宽的QTL qFW1.2。说明该区段存在紧密连锁的多基因共同决定叶片的形态和产量构成性状。2.qFL1区段上两个主要候选基因,成花素同源基因OsFTLl和ABC转运子,在亲本间存在序列差异。比较近等基因系NILZS97和NIL93-11的表达量发现,OsFTLl的表达量在栽后两周和40天的苗期叶片以及抽穗前7天的剑叶中均有极显著的差异,表明OsFTLl最有可能是影响叶片形态和产量相关性状的目的基因。3.针对第8染色体短臂RM5428—MRG2181区间上同时控制抽穗期、剑叶长宽、株高、叶片间距、穗长、穗抽出度、一二次枝梗数和穗重的QTL簇,我们利用三个杂合自交后代家系(HIFs)对其效应进行了验证和目标区段的缩小。利用新开发的一系列SSR、InDel和测序标记,结合重组交换单株的后代家系测验,将目标QTL精细定位在20kb的范围内,并确定了两个候选基因:CCAAT盒结合蛋白和转运酶蛋白。转基因互补测验显示,CCAAT盒结合蛋白能够不同程度地互补珍汕97遗传背景的近等基因系受体,使抽穗期、株高和产量相关性状同时发生改变;而转运酶蛋白没有产生明显的表型,说明CCAAT盒结合蛋白就是控制多个表型的目标基因,具有一因多效的作用。我们将其命名为Ghd8(Grain number, plant height, and heading date8)。4.利用HIFs对目标QTL效应区段验证表明,Ghd8效应受背景中其它基因比如qHD6.1和Ghd7的影响。在Ghd7为品种93-11的基因型时,Ghd8区间表现为完全显性;当Ghd7为珍汕97基因型时,Ghd8效应大大减小,说明Ghd7与Ghd8存在遗传互作。5.Ghd8近等基因系和转基因株系的表达谱分析发现,该基因在全生育期内都有表达,其中在剑叶和根内表达量较高。在短日照条件下,Ghd8具有上调Ehdl、 Hd3a和RFT1表达的作用,促进抽穗;在长日照条件下,Ghd8抑制Ehd1、Hd3a和RFT1的表达,能够延迟抽穗;但在长短日照条件下,Ghd8均不影响节律钟基因OsGI和早开花基因OsMADS50, OsMADS51和RID1表达。表明Ghd8在长短日照条件对Ehd1-Hd3a开花路径具有双向调控的作用。
中文摘要第6-8页
Abstract第8-10页
縮写词表第11-12页
1 文献综述第12-30页
    1.1 株型研究概况第12-15页
        1.1.1 什么是株型第12-13页
        1.1.2 株型育种的概况第13页
        1.1.3 理想株型的模式第13-15页
    1.2 株型性状的遗传研究和相关基因第15-29页
        1.2.1 分蘖第15-17页
        1.2.2 株高第17-20页
        1.2.3 叶片第20-22页
        1.2.4 穗形第22-29页
            1.2.4.1 穗粒数相关基因,Gn1α和IPA1/WFP第23-24页
            1.2.4.2 直立穗形相关基因第24-26页
            1.2.4.3 一因多效的产量相关基因第26-29页
    1.3 研究的目的与意义第29-30页
2 材料与方法第30-40页
    2.1 试验材料第30-32页
        2.1.1 试验亲本和衍生材料第30页
        2.1.2 第1染色体多效QTL簇的精细定位群体第30-31页
        2.1.3 第8染色体多效QTL簇的精细定位群体第31页
        2.1.4 两个主效QTL的近等基因系第31-32页
    2.2 试验方法第32-40页
        2.2.1 性状考察第32页
        2.2.2 DNA的小样提取(分子标记分析)和大样提取(拷贝数检测)第32-33页
        2.2.3 RNA提取与反转录第33-34页
        2.2.4 Realtime PCR第34-35页
        2.2.5 载体构建与遗传转化第35-37页
        2.2.6 Southern杂交第37页
        2.2.7 PCR产物测序第37-39页
        2.2.8 数据分析第39-40页
3 结果与分析第40-79页
    3.1 第1染色体多效QTL的精细定位第40-49页
        3.1.1 qFL1的定位第40-43页
        3.1.2 qFL1效应的验证第43-44页
        3.1.3 条件QTL分析第44-45页
        3.1.4 qFL1的精细定位第45-47页
        3.1.5 候选基因的分析第47-48页
        3.1.6 qFL1具有一因多效性第48-49页
    3.2 第8染色体多效QTL的精细定位第49-76页
        3.2.1 第8染色体qHD8的效应第50页
        3.2.2 qHD8的效应受遗传背景影响第50-52页
        3.2.3 qHD8具有一因多效的作用第52-58页
        3.2.4 基因克隆与功能分析第58-66页
        3.2.5 Ghd8编码一个具有高度保守结构域的类似组蛋白的转录因子第66-68页
        3.2.6 Ghd8定位于细胞核内第68页
        3.2.7 Ghd8的表达模式第68-70页
        3.2.8 Ghd8对光周期敏感第70-74页
        3.2.9 Ghd8对茎秆延伸和增粗有显著的作用第74-76页
    3.3 利用qFL1和Ghd8改良水稻的株叶形态和产量第76-79页
4 讨论第79-87页
    4.1 一因多效或多基因紧密连锁控制株型和产量相关性状第79-81页
    4.2 候选基因功能的推测与剑叶形态的关系第81-84页
    4.3 QTL互作对Ghd8效应的影响第84-85页
    4.4 Ghd8在光周期调控途径中的位置第85-87页
5 创新点和小结第87-89页
参考文献第89-104页
附录第104-110页
    附录Ⅰ BRIL株型和产量QTL的定位结果第104-106页
    附录Ⅱ 精细定位、分子标记辅助选择和定量PCR等实验中使用的引物第106-108页
    附录Ⅲ 作者简历第108-110页
致谢第110页
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