猪THRSP基因启动子变异对THRSP表达及其靶基因转录水平的影响

THRSP基因作为甲状腺素受体调控和激活转录因子,参与调控了多种在脂肪合成途径中起到调节作用的酶类,在组织特异的脂类代谢调控中起重要作用。本文以三元杂交猪(杜洛克×[大白×长白])为研究对象,通过对样本猪肝脏THRSP调控区SNP检测,多态片段基因型鉴定,分析不同启动子基因型(A组、D组、F组)调控脂肪合成途径中相关酶的基因转录及其影响。采用RNA-Seq和荧光定量PCR方法,检测THRSP及候选靶基因在不同基因型猪肝脏组织中的表达差异。结果表明:(1)THRSP基因启动子区5个突变位点分别是位于CDS上游的A-95T、G-98A、A-376G、T-400C和C-459T,分别构成3种启动子基因型CCTTGGGGAA(A组)、CCCCAAAATT(D组)和CCTCGAGAAT(F组)。(2)A组猪的THRSP基因表达水平显著高于D组,显示为上调(P<0.05),杂合子F组的表达则介于两者之间,表现中间型表达水平,并且THRSP表达水平显示为A>F>D组(P<0.05);(3)qPCR检测显示,候选靶基因mRNA的表达丰度也存在显著差异,其中候选靶基因苹果酸酶1(ME1)、柠檬酸裂合酶(ACL)、脂肪酸合酶(FASN)和磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PEPCK)的mRNA表达量均以A组最高,D和F组两组差异不显著;(4)RNA-Seq结果显示THRSP表达水平对苹果酸酶3(ME3)和FASN的转录水平影响达到显著水平(P<0.05),其中高水平组(A组)的THRSP能显著上调ME3和FASN的转录水平,但THRSP的3种转录水平对PEPCK1、PEPCK2和ACL的mRNA表达量均未能造成明显的影响(p>0.05)。