民猪、长白、大白H-FABP和A-FABP基因多态性的研究
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随着生活水平的不断改善,人们对于猪肉品质要求越来越高,肉质性状的改良将是我国未来动物育种工作的重点。在以往的研究中,人们发现心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因和脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因与肌内脂肪含量相关。H-FABP和A-FABP是一类结构特殊的蛋白质,对脂肪酸具有特别的亲和力,其作用是参与细胞内脂肪酸的运输,将脂肪酸从细胞膜上运送到脂肪酸氧化和甘油三酯及磷脂的合成位置,并结合多种配体,加强细胞内的脂肪酸向特定细胞器或者细胞膜的转运扩散。 民猪是我国优良的地方猪种,以其肉色鲜红、细嫩多汁、肉香味浓等特性,受到广大消费者的欢迎,其肌内脂肪含量高达4.5%以上。因此,对民猪肉质性状的遗传机制进行研究,对这一优秀品种资源的利用具有深远的意义。 本研究以民猪、长白、大白为对象,研究其H-FABP和A-FABP基因的多态性和A-FABP基因多态与背膘厚之间的关系,结果表明: 1.在民猪、长白、大白群体中,H-FABP基因5′-上游区的HinfⅠ酶切位点表现多态性,并检测到HH、Hh、hh三种基因型。等位基因H在民猪、大白、长白群体中的频率分别为0.193、0.7727、0.74,等位基因h的频率分别为0.807、0.2273、0.26。 2.民猪群体中H-FABP基因第二内含子的HaeⅢ酶切位点的基因型全部为DD型,在长白和大白群体中等位基因D在大白和长白群体中的频率分别为0.5606和0.145,等位基因d的频率分别为0.4394和0.855。 3.在民猪群体中,H-FABP基因第二内含子的Msp Ⅰ酶切位点的基因型全部为aa型,在大白、长白群体中等位基因A的频率分别为0.697和0.89,等位基因a的频率分别为0.303和0.11。 4.在H-FABP基因5′-上游区的1127bp和1479bp处,检测到两个多态性位点。1127bp处发生了C→G的碱基替换,经SSCP检测表现为EE、EF、和FF三种基因型。民猪、长白猪和大白猪的E等位基因频率分别为0.2614、0.96、0.6174;F等位基因频率分别为0.7368、0.04、0.3826。在1479bp处发生了T→G的碱基替换,表现为AA、AB和BB三种基因型。民猪全部为纯合的BB型,长白猪和大白猪A等位基因频率分别为0.77、0.4016,B等位基因频率分别为0.23、0.5984。 5.在A-FABP基因的第二外显子处发现了一处T→A的碱基替换,经SSCP检测到AA、AB两种基因型。大白猪仅表现为AA型,民猪和长白猪的A基因频率分别为0.6875、0.95,B基因频率分别为0.3125、0.05。AA型猪的背膘厚显著低于AB型猪的背膘厚。
中文摘要 | 第8-9页 |
英文摘要 | 第9-10页 |
1 前言 | 第11-23页 |
1.1 研究背景与科学意义 | 第11-12页 |
1.2 文献综述 | 第12-21页 |
1.2.1 QTL的检测方法 | 第12-13页 |
1.2.2 分子标记 | 第13-16页 |
1.2.3 猪肉质性状的研究进展 | 第16-21页 |
1.3 本研究的目标与内容 | 第21-23页 |
2 材料与方法 | 第23-33页 |
2.1 实验材料 | 第23-24页 |
2.1.1 实验动物和性状测定 | 第23页 |
2.1.2 菌株和克隆载体 | 第23页 |
2.1.3 药品和酶 | 第23页 |
2.1.4 主要仪器 | 第23-24页 |
2.1.5 主要分子生物学软件 | 第24页 |
2.2 实验方法 | 第24-33页 |
2.2.1 缓冲液与常用试剂的配制 | 第24-25页 |
2.2.2 耳组织样DNA的提取 | 第25-26页 |
2.2.3 DNA浓度和质量的检测 | 第26页 |
2.2.4 引物的设计与合成 | 第26-27页 |
2.2.5 DNA片段的克隆测序 | 第27-29页 |
2.2.6 组织总RNA的提取 | 第29-30页 |
2.2.7 反转录反应 | 第30页 |
2.2.8 PCR-SSCP检测 | 第30-32页 |
2.2.9 PCR-RFLP检测 | 第32页 |
2.2.10 统计分析 | 第32-33页 |
3 结果与分析 | 第33-44页 |
3.1 基因组DNA提取结果 | 第33页 |
3.2 H-FABP基因的多态性 | 第33-39页 |
3.2.1 H-FABP基因5′-上游区Hinf Ⅰ酶切位点的PCR-RFLP检测 | 第33-34页 |
3.2.2 H-FABP基因第二内含子HaeⅢ和Msp Ⅰ酶切位点的PCR-RFLP检测 | 第34-36页 |
3.2.3 各群体H-FABP基因不同酶切位点等位基因频率和基因型频率 | 第36-37页 |
3.2.4 H-FABP基因5′-上游区的克隆测序及SNP位点的SSCP检测 | 第37-39页 |
3.3 A-FABP基因的多态性及其与背膘厚的相关分析 | 第39-44页 |
3.3.1 RNA提取结果 | 第39-40页 |
3.3.2 PCR扩增 | 第40-41页 |
3.3.3 PCR产物测序 | 第41页 |
3.3.4 针对突变点的PCR扩增 | 第41-42页 |
3.3.5 SSCP检测 | 第42页 |
3.3.6 不同群体A-FABP基因第二内含子T65A多态位点的基因型频率和等位基因频率 | 第42页 |
3.3.7 猪A-FABP基因的SNPs多态性与背膘厚的最小二乘分析 | 第42-44页 |
4 讨论 | 第44-48页 |
4.1 不同品种H-FABP基因5′-上游区Hinf Ⅰ、HaeⅢ和Msp Ⅰ酶切位点的多态性 | 第44-45页 |
4.2 H-FABP基因5′-上游区克隆测序及SNPs多态性分析 | 第45页 |
4.3 猪A-FABP基因的多态性及其与背膘厚的关系 | 第45-46页 |
4.4 关于PCR过程中出现的问题的讨论 | 第46页 |
4.5 有关影响PCR-RFLP和PCR-SSCP效果的因素 | 第46-48页 |
5 结论 | 第48-49页 |
致谢 | 第49-50页 |
参考文献 | 第50-55页 |
攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第55页 |
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