鸡H-FABP与A-FABP基因PCR-RFLP分析及其相关性状的研究

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本研究以贵州大学科研种鸡场培育的贵州黄鸡、矮脚黄鸡以及正在选育的地方品种兴义矮脚鸡3个品种共180只作为供试群体,利用PCR-RFLP技术对可作为肌内脂肪(IMF)含量候选基因的H-FABP基因和A-FABP基因的进行了研究分析,并分析了两基因的遗传变异IMF含量的关系,为确定影响IMF沉积的主效基因或与其紧密连锁的遗传标记奠定基础。一、该研究对三个品种鸡H-FABP基因第二内含子和A-FABP基因第三内含子的PCR扩增产物进行了PCR-RFLP分析,分别发现了HhaⅠ、MspⅠ-RFLP两个多态位点和一个HinfⅠ-RFLP多态位点,但是酶切位点的各等位基因频率明显不同。二、在贵州黄鸡、矮脚黄鸡和兴义矮脚鸡中HhaⅠ-RFLP等位基因A的频率均占一定的优势;在MspⅠ-RFLP中等位基因N的频率在矮脚黄鸡和兴义矮脚鸡中占优势;在HinfⅠ-RFLP座位上,等位基因A的频率在三个群体中均占优势。三、三种酶切位点中,三个品种之间的遗传特性的差异也较为明显。在HhaⅠ-RFLP中除矮脚黄鸡表现为低度多态外,其余两个品种均表现为中度多态;在MspⅠ-RFLP中除贵州黄鸡表现为中度多态外,其余均表现为低度多态;在HinfⅠ-RFLP中,三个品种均表现为低度多态。四、通过对PCR-RFLP多种基因型与三个品种鸡IMF及相关性状的分析发现,对于鸡H-FABP基因的HhaⅠ-RFLP位点而言,三个品种鸡群在该位点上等位基因B与较高的肌内脂肪含量有关,等位基因B为控制肌内脂肪沉积优势基因,能提高鸡肉中肌内脂肪含量。因此BB基因型可用于于标记辅助选择,提高肌内脂肪的含量。五、在鸡H-FABP基因MspⅠ-RFLP位点中,三个品种鸡群杂合子MN基因型的腹脂率均优于两纯合子。这一结果说明杂合子MN与脂肪的沉积有一定的相关。六、贵州黄鸡群体在A-FABP基因HinfⅠ-RFLP位点上,BB基因型个体在沉积脂肪的能力上具有较大优势;在矮脚黄鸡和兴义矮脚鸡公母鸡群体内A-FABP基因HinfⅠ-RFLP位点上各基因型对所测定的各性状均无显著差异。
中文摘要第5-6页
Abstract第6页
一、文献综述第7-20页
    引言第7-8页
    1 脂肪酸结合蛋白的研究概况第8-13页
        1.1 FABPs的作用第9-10页
        1.2 H-FABP和A-FABP基因的研究第10-13页
    2 肌内脂肪(IMF)含量第13-15页
        2.1 IMF的生成第14页
        2.2 IMF对肉风味的影响第14-15页
    3 常用的分子遗传标记类型第15-19页
        3.1 RFLP标记的优缺点与PCR-RFLP技术第15-16页
        3.2 微卫星DNA第16-17页
        3.3 随机扩增多态性DNA(random augment polymorphism DNA,RAPD)第17页
        3.4 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)第17页
        3.5 候选基因法(Candidate genes)第17-19页
    4 本课题研究的目的和内容第19-20页
二 材料与方法第20-28页
    2.1 实验材料第20-21页
        2.1.1 实验动物第20页
        2.1.2 主要仪器设备第20页
        2.1.3 工具酶及主要试剂第20页
        2.1.4 主要药品及试剂的配制第20-21页
    2.2 实验方法第21-26页
        2.2.1 血样采集第21页
        2.2.2 基因组DNA的提取第21-22页
        2.2.3 DNA检测第22页
        2.2.4 PCR反应第22-24页
        2.2.5 扩增产物的酶切第24-25页
        2.2.6 带型判读第25页
        2.2.7 屠宰测定第25页
        2.2.8 肌内脂肪含量的测定第25-26页
    2.3 统计分析第26-28页
        2.3.1 基因型频率和基因频率第26页
        2.3.2 杂合度、有效等位基因数和多态信息含量的计算第26-27页
        2.3.3 数据处理第27-28页
三 结果与分析第28-43页
    3.1 血液中基因组DNA的提取第28页
    3.2 PCR扩增结果第28-29页
        3.2.1 引物P1对鸡H-FABP基因第二内含子的PCR产物的扩增结果第28-29页
        3.2.2 引物P2对鸡A-FABP基因第三内含子的PCR产物的扩增结果第29页
    3.3 对三个品种鸡的PCR-RFLP基因型及基因频率分析第29-34页
        3.3.1 鸡H-FABP基因第二内含子PCR-RFLP基因型及基因频率分析第29-34页
    3.4 不同鸡种H-FABP基因和A-FABP基因PCR-RFLP的纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量第34-35页
    3.5 不同品种鸡H-FABP基因HhaI-RFLP多态位点与生产性状的分析第35-37页
        3.5.1 贵州黄鸡群体内H-FABP基因HhaI-RFLP多态位点与生产性状的分析第35-36页
        3.5.2 矮脚黄鸡群体内H-FABP基因HhaI-RFLP位点与生产性状的分析第36页
        3.5.3 兴义矮脚鸡群体内H-FABP基因HhaI-RFLP位点与生产性状的分析第36-37页
    3.6 不同品种鸡H-FABP基因MspI-RFLP多态位点与生产性状的分析第37-40页
        3.6.1 贵州黄鸡群体内H-FABP基因MspI-RFLP多态位点与生产性状的分析第37-38页
        3.6.2 矮脚黄鸡群体内H-FABP基因MspI-RFLP多态位点与生产性状的分析第38-39页
        3.6.3 兴义矮脚鸡群体内H-FABP基因MspI-RFLP多态位点与生产性状的分析第39-40页
    3.7 不同品种鸡A-FABP基因HinfI-RFLP多态位点与生产性状的分析第40-43页
        3.7.1 贵州黄鸡群体内A-FABP基因HinfI-RFLP上各多态位点与生产性状的分析第40-41页
        3.7.2 矮脚黄鸡群体内A-FABP基因HinfI-RFLP位点与生产性状的分析第41页
        3.7.3 兴义矮脚鸡群体内A-FABP基因HinfI-RFLP位点与生产性状的分析第41-43页
四、讨论第43-47页
    4.1 血液中基因组DNA的提取第43页
    4.2 PCR反应体系第43-44页
        4.2.1 PCR反应体系中的mg~(2+)浓度第43-44页
        4.2.2 引物浓度第44页
        4.2.3 退火温度第44页
    4.3 PCR-RFLP分析第44-45页
    4.4 三个品种鸡群体的遗传特征分析第45-46页
    4.5 鸡H-FABP、A-FABP基因与生产性状的关系第46-47页
        4.5.1 鸡H-FABP基因HhaI-RFLP位点与生产性状的分析第46页
        4.5.3 鸡A-FABP基因HinfI-RFLP多态位点与生产性状的分析第46-47页
五 结论第47-48页
六 关于鸡H-FABP和A-FABP基因研究前景的几个问题第48-49页
致谢第49-50页
主要参考文献第50-55页
常用缩写词及英汉对照第55-56页
附录第56-57页
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