软骨分化过程中的microRNA的功能研究

软骨生成过程论文 Wnt/β-catenin论文 miR-140论文 Wwp2-C论文 内含子保留论
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骨质性关节炎是人群中高发的骨骼疾病,其表现为关节软骨的降解和结构的破坏。关节软骨与胚胎发育过程中的软骨细胞是同一来源的,都是由间质祖细胞聚集分化而来。随着microRNA在脊椎动物发育中的作用被发现与报道,在软骨化过程中的相关microRNA研究成为了骨骼发育与骨关节炎病理研究的新一热点。近年来,已有关于软骨分化过程中的相关microRNA研究报道,但对软骨分化和关节炎病理发生中特异性调控的microRNA了解仍然并不充分。本文旨在通过对软骨分化过程的microRNA差异化芯片分析寻找该过程中特异调控的功能性microRNA,并探究其在软骨发育中的调控机制与功能。本文实验通过体外原代培养鼠E12.5肢芽细胞,对其软骨化过程与Wnt/β-catenin信号诱导的非软骨化过程进行差异化对比芯片分析,发现了miR-140、miR-140*、miR-455在软骨分化过程中特异表达;miR-1、miR-133a、miR-133b、miR-206肌肉相关的microRNA在Wnt/β-catenin信号诱导作用下高量表达。随后,通过RT-PCR、RACE、原位杂交等实验,本文发现miR-140,miR-140*的初始转录本通过内含子保留形式特异在软骨发生过程中表达,并与其宿主基因Wwp2-C共表达。Wwp2-C基因在软骨中的特异性表达以及蛋白编码能力在本文中首次被报道与验证。为了探求miR-140/140*表达的特异性,本文通过对克隆的miR-140/140*初始转录本的启动子区域进行荧光素酶激活实验以及与软骨特异性转录因子Sox9的ChIP实验,发现Sox9通过与-200bp碱基位点的直接结合激活了miR-140在软骨发生中特异表达。接着,本文进一步在软骨发生中探究miR-140的功能,利用RCAS::miR-140-Sponge病毒在鸡胚肢芽细胞中特异性抑制miR-140在软骨发生中的功能,发现miR-140对于维持软骨发生过程中的细胞增殖过程是必须的。结合生物信息学预测以及分子生物学验证,本文发现细胞周期调控基因Sp1是miR-140在软骨发生过程中的一个靶基因。综上所述,本文通过对软骨发生过程与Wnt诱导的非软骨化过程的microRNA差异对比分析发现miR-140特异表达于软骨发生中,它与宿主基因Wwp2-C共表达并受到转录因子Sox9的直接诱导,在软骨发生中它通过对细胞周期调控蛋白Sp1的直接靶向作用维持软骨细胞增殖。以上研究拓展了软骨发生过程中的microRNA功能研究,为microRNA在骨骼发育过程中的作用提供了新的机制,同时为骨关节炎治疗的作用靶点提供了新的基础研究。
摘要第3-5页
ABSTRACT第5-7页
英文缩略语第12-14页
第一章 研究背景介绍第14-44页
    1.1 microRNA 的研究背景第14-24页
        1.1.1 microRNA 的发现以及生成过程研究第14-18页
        1.1.2 microRNA 功能性的研究方法第18-24页
    1.2 脊椎动物骨骼发育的研究背景第24-39页
        1.2.1 脊椎动物骨骼元件发育过程第24-27页
        1.2.2 脊椎动物滑膜关节的发育模型第27-29页
        1.2.3 脊椎动物骨骼发育过程中主要转录因子以及信号通路第29-37页
        1.2.4 脊椎动物骨关节炎病理发生的分子机理第37-39页
    1.3 脊椎动物骨骼发育中microRNA 的研究第39-44页
        1.3.1 成熟microRNA 对于骨骼正常发育是必须的第39-41页
        1.3.2 软骨生成过程中以及骨关节炎病理发生中功能性microRNA 的筛选研究第41-42页
        1.3.3 miR-140 在软骨发生过程以及关节病理发生过程发挥了重要作用第42-44页
第二章 实验方法第44-72页
    2.1 分子生物学实验方法第44-52页
        2.1.1 质粒提取方法第44页
        2.1.2 感受态制备与转化第44页
        2.1.3 限制性内切酶反应与连接反应第44页
        2.1.4 特定位点点突变方法第44-45页
        2.1.5 组织RNA 提取以及反转录第45页
        2.1.6 定量PCR第45页
        2.1.7 蛋白质提取方法第45-46页
        2.1.8 Western Blot 实验第46页
        2.1.9 microRNA 芯片分析第46页
        2.1.10 成熟microRNA 定量分析第46-47页
        2.1.11 快速cDNA 末端克隆(RACE)实验第47-49页
        2.1.12 染色质免疫沉淀(ChIP)实验第49-52页
        2.1.13 免疫共沉淀(Co-IP)实验第52页
    2.2 细胞生物学实验方法第52-60页
        2.2.1 细胞系培养第52-53页
        2.2.2 L-Wnt3a 细胞蛋白收集第53页
        2.2.3 细胞聚集(Micromass)培养实验第53-55页
        2.2.4 细胞转染实验第55页
        2.2.5 荧光素酶定量实验第55页
        2.2.6 细胞原位杂交第55-57页
        2.2.7 细胞BrdU 实验第57页
        2.2.8 细胞增殖实验第57-58页
        2.2.9 细胞周期测定第58页
        2.2.10 RCAS 病毒制备第58-60页
    2.3 胚胎学实验方法第60-64页
        2.3.1 整体原位杂交第60-64页
    2.4 试验材料第64-72页
        2.4.1 化学物品以及生物学物品第64-67页
        2.4.2 实验中涉及的引物序列第67-70页
        2.4.3 实验中质粒信息第70-72页
第三章 实验结果第72-108页
    3.1 软骨化过程与Wnt 信号诱导的非软骨化过程的差异化对比芯片分析第72-79页
        3.1.1 原代肢芽细胞进行软骨化培养以及Wnt 信号刺激下的非软骨化现象第72-74页
        3.1.2 软骨化过程与Wnt 信号诱导的非软骨化过程的microRNA 芯片对比分析第74-77页
        3.1.3 miR-140,miR-140*,miR-455 在软骨发生过程中特异表达第77-79页
    3.2 初始miR-140/140*在软骨中与蛋白编码基因Wwp2-C 转录本特异共表达第79-87页
        3.2.1 miR-140/140* 初始转录本与Wwp2 部分转录本在软骨发育过程中共表达第79-86页
        3.2.2 Wwp2-C 转录本在软骨发育过程中具有蛋白编码能力第86-87页
    3.3 转录因子Sox9 直接诱导miR-140/140*的表达第87-91页
        3.3.1 转录因子Sox9 对miR-140/140*初始转录本表达具有激活作用第87-89页
        3.3.2 转录因子Sox9 对miR-140/140*初始转录本表达激活是通过直接作用的第89-90页
        3.3.3 Wnt 信号对Sox9 的抑制作用负调控miR-140/140*的表达第90-91页
    3.4 miR-140 的下调使软骨细胞不能够维持增殖状态第91-97页
        3.4.1 miR-140 过表达以及功能抑制性载体构建第91-93页
        3.4.2 miR-140 功能性抑制阻碍了细胞的增殖第93-97页
    3.5 Sp1 是miR-140 的一个直接靶基因第97-103页
        3.5.1 Smad3 不是miR-140 在软骨化过程中的一个靶基因第98-99页
        3.5.2 Sp1 是miR-140 在软骨生成过程中的一个靶基因第99-103页
    3.6 Wwp2-C 蛋白在骨骼发育过程中的功能性初步分析第103-108页
第四章 讨论第108-116页
    4.1 miR-140,miR-140*,miR-455 在软骨发生中特异表达,肌肉相关microRNA 受到 Wnt 信号诱导激活第108-110页
    4.2 miR-140 在软骨发育过程中受到Sox9 激活调控了软骨细胞的增殖过程第110-112页
    4.3 受到Sox9 激活的miR-140 与宿主基因Wwp2-C 共表达第112-113页
    4.4 Wwp2-C 蛋白在骨骼发育过程中的功能第113-116页
第五章 总结与展望第116-118页
参考文献第118-132页
致谢第132-134页
攻读博士学位期间发表的学术论文第134-136页
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