巨桉ZFP家族基因克隆和表达分析及EgrZFP1的调控因子筛选
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C2H2型锌指蛋白是最常见的转录因子之一,既能够参与调控植物的生长发育,也参与植物的抗逆境胁迫。植物中最早分离出的C2H2型锌指蛋白基因是矮牵牛的ZPT2-1,之后也陆续在拟南芥、棉花、大豆、水稻等植物中分离出了该类型的锌指蛋白基因。先前分离得到的C2H2型锌指蛋白基因主要是草本植物的,很少有木本植物。本研究通过同源克隆的方法从低温诱导的巨桉幼苗中克隆到7个C2H2型锌指蛋白基因,分别命名为EgrZFP1-7。它们编码的蛋白都属于C1类C2H2型锌指蛋白,由于都具有QALGGH基序,他们也属于Q型C2H2型锌指结构。除了EgrZFP2以外,其它六个预测蛋白都具有EAR基序。对EgrZFP1-7基因的表达分析表明,它们在根、茎、叶中都表达,除了EgrZFP4和EgrZFP6以外的其它5个基因在根、茎、叶中的表达量没有明显区别。EgrZFP4在根中表达量最高,而EgrZFP6在叶中表达量最低。不同逆境下,EgrZFP基因的表达分析表明:它们在低温下被诱导表达,2℃或4℃下的表达量最高。4℃不同时间处理下,EgrZFP1-6的表达量在48h时达到最高,然而EgrZFP7表现出了瞬时表达的特性。盐胁迫(NaCl,200mM)下,EgrZFP1-6表达量增加,而EgrZFP7的表达受到抑制。EgrZFP1-7基因都不受ABA(100μM)诱导表达,说明它们可能不通过ABA逆境响应途径发挥作用。这说明,在巨桉中EgrZFP1-7基因经由ABA非依赖型途径参与冷胁迫和盐胁迫响应。通过酵母单杂交实验筛选得到了EgrZFP1可能的转录因子:NAM保守结构域的NAC转录因子、β-半乳糖苷酶、ATP酶、水通道蛋白、光合作用相关蛋白和两个无功能注释蛋白。本研究对基因P3-1,4,5的表达分析,结果表明:表达NAC转录因子的P3-1基因在冷、盐胁迫下表达量增加,而干旱和ABA处理下表达量没有明显变化;P3-4,5的表达量在ABA、盐、冷胁迫下都没有明显变化,而在干旱下表达量增加。说明3个基因都是经由ABA非依赖型途径参与逆境胁迫响应。
摘要 | 第4-5页 |
ABSTRACT | 第5页 |
目录 | 第7-11页 |
引言 | 第11-12页 |
第一章 文献综述 | 第12-24页 |
1.1 植物抵御非生物胁迫的分子机制研究现状 | 第12-18页 |
1.1.1 低温胁迫及其转录级联反应 | 第12-15页 |
1.1.1.1 依赖 CBF 的应答途径:ICE-CBF-COR 转录途径 | 第12-15页 |
1.1.1.2 非 CBF 依赖型途径 | 第15页 |
1.1.2 盐胁迫和离子信号 | 第15-16页 |
1.1.3 干旱胁迫和渗透信号 | 第16-18页 |
1.1.3.1 ABA 非依赖型调控机制 | 第16页 |
1.1.3.2 ABA 依赖型调控机制 | 第16-17页 |
1.1.3.3 逆境适应下信号传导交联机制 | 第17-18页 |
1.2 植物 C2H2 型锌指蛋白研究进展 | 第18-20页 |
1.2.1 C2H2 型锌指蛋白的结构特点和功能区 | 第18-19页 |
1.2.2 C2H2 型锌指蛋白的功能 | 第19-20页 |
1.2.2.1 C2H2 型锌指蛋白参与调控之物的生长发育 | 第19页 |
1.2.2.2 C2H2 型锌指蛋白参与植物抗逆反应 | 第19-20页 |
1.3 顺式作用元件及转录因子的研究方法 | 第20-22页 |
1.3.1 生物信息学分析与预测 | 第20-21页 |
1.3.2 突变分析法 | 第21页 |
1.3.3 凝胶阻滞法 | 第21页 |
1.3.4 DNase I 足迹法 | 第21页 |
1.3.5 酵母单杂交体系 | 第21-22页 |
1.4 技术路线 | 第22-24页 |
第二章 巨桉 C2H2 型锌指蛋白基因 ZFP 家族的克隆 | 第24-36页 |
2.1 材料与方法 | 第24-30页 |
2.1.1 材料 | 第24页 |
2.1.2 试剂 | 第24页 |
2.1.3 仪器 | 第24页 |
2.1.4 桉树总 RNA 的提取 | 第24页 |
2.1.5 琼脂糖凝胶电泳检测 RNA | 第24-25页 |
2.1.6 反转录 cDNA 第一链的合成 | 第25-26页 |
2.1.7 目的基因全长 cDNA 的分离 | 第26-30页 |
2.1.7.1 中间片段的扩增: | 第26-28页 |
2.1.7.2 5 ' RACE 及 3' RACE | 第28页 |
2.1.7.3 ZFP 序列的验证 | 第28-29页 |
2.1.7.4 凝胶回收 | 第29页 |
2.1.7.5 连接反应 | 第29页 |
2.1.7.6 大肠杆菌感受态细胞的制备及转化 | 第29-30页 |
2.1.7.7 序列测定 | 第30页 |
2.1.7.8 序列比较和分析 | 第30页 |
2.2 结果与分析 | 第30-34页 |
2.2.1 EgrZFP 基因的克隆 | 第30-31页 |
2.2.2 EgrZFP 蛋白的序列分析 | 第31-34页 |
2.3 讨论 | 第34-36页 |
第三章 巨桉 EgrZFP 基因家族的表达分析 | 第36-43页 |
3.1 材料与方法 | 第36-38页 |
3.1.1 实验材料 | 第36页 |
3.1.2 试剂 | 第36页 |
3.1.3 材料的处理 | 第36页 |
3.1.4 总 RNA 的提取 | 第36页 |
3.1.5 EgrZFP 基因组织特异性表达分析 | 第36-38页 |
3.1.6 冷处理 | 第38页 |
3.1.7 ABA、干旱和盐处理 | 第38页 |
3.1.8 实时荧光定量 RT-PCR | 第38页 |
3.2 结果与分析 | 第38-41页 |
3.2.1 巨桉不同器官中 EgrZFP1-7 的表达分析 | 第38-39页 |
3.2.2 EgrZFP1-7 在非生物胁迫下的表达分析 | 第39-41页 |
3.3 讨论 | 第41-43页 |
第四章 酵母单杂交 cDNA 文库构建 | 第43-53页 |
4.1 材料与方法 | 第43-49页 |
4.1.1 材料 | 第43页 |
4.1.2 试剂 | 第43页 |
4.1.3 仪器 | 第43页 |
4.1.4 Total RNA 的提取 | 第43页 |
4.1.5 mRNA 的分离 | 第43-44页 |
4.1.6 cDNA 文库的构建 | 第44-48页 |
4.1.6.1 cDNA 第一链的合成 | 第44页 |
4.1.6.2 cDNA 第二链的合成 | 第44-45页 |
4.1.6.3 cDNA 与三框 attB1 重组接头连接 | 第45页 |
4.1.6.4 cDNA 分级分离及收集 | 第45-46页 |
4.1.6.5 BP 重组反应 | 第46页 |
4.1.6.6 电转化大肠杆菌 DH10B | 第46-47页 |
4.1.6.7 cDNA 文库(Uncut 型)文库质量鉴定 | 第47-48页 |
4.1.7 酵母单杂交 cDNA 文库的构建 | 第48-49页 |
4.1.7.1 Uncut 文库的质粒抽提 | 第48页 |
4.1.7.2 文库质粒重组 | 第48页 |
4.1.7.3 电转化大肠杆菌 DH10B | 第48-49页 |
4.1.7.4 酵母单杂交 cDNA 文库质量鉴定 | 第49页 |
4.2 结果与分析 | 第49-52页 |
4.2.1 总 RNA 质量检测 | 第49-50页 |
4.2.2 mRNA 的分离 | 第50页 |
4.2.3 初级 cDNA 文库质量检测 | 第50-51页 |
4.2.3.1 初级文库的库容量鉴定 | 第50-51页 |
4.2.3.2 重组率和插入片段长度鉴定 | 第51页 |
4.2.4 酵母单杂交文库质量检测 | 第51-52页 |
4.2.4.1 酵母单杂交文库的库容量鉴定 | 第51-52页 |
4.2.4.2 重组率和插入片段长度鉴定 | 第52页 |
4.3 讨论 | 第52-53页 |
第五章 酵母单杂交系统筛选 EgrZFP1 的转录因子 | 第53-69页 |
5.1 材料与方法 | 第53-62页 |
5.1.1 实验试剂 | 第53页 |
5.1.2 启动子序列克隆及顺式作用元件分析 | 第53-54页 |
5.1.2.1 启动子序列克隆 | 第53-54页 |
5.1.2.2 启动子序列的验证 | 第54页 |
5.1.2.3 启动子中瞬时作用元件分析 | 第54页 |
5.1.3 获得 Bait-pAbAi 质粒 | 第54-56页 |
5.1.3.1 克隆得到 200bp 左右的启动子片段 | 第54-55页 |
5.1.3.2 重组得到 Bait-pAbAi 质粒 | 第55-56页 |
5.1.4 获取 Bait 酵母菌株 | 第56-59页 |
5.1.4.1 YPDA 培养基配制 | 第56-57页 |
5.1.4.2 酵母感受态细胞的制备 | 第57页 |
5.1.4.3 线性化 Bait-pAbAi 质粒 | 第57-58页 |
5.1.4.4 配制 PEG/LiAc 溶液 | 第58页 |
5.1.4.5 变性 Yeastmaker Carrier DNA | 第58页 |
5.1.4.6 转化酵母感受态细胞 | 第58页 |
5.1.4.7 酵母菌液 PCR | 第58-59页 |
5.1.5 Bait 菌株的自激活检测 | 第59页 |
5.1.6 转酵母单杂交文库质粒到 Bait 菌株中 | 第59-60页 |
5.1.6.1 用 Bait 菌株制备酵母感受态 | 第59-60页 |
5.1.6.2 变性 Yeastmaker Carrier DNA | 第60页 |
5.1.6.3 转化酵母感受态细胞 | 第60页 |
5.1.7 筛选出的克隆的阳性分析 | 第60-61页 |
5.1.7.1 进一步验证酵母单克隆阳性 | 第60页 |
5.1.7.2 提取酵母中的 PGADT7 质粒 | 第60-61页 |
5.1.7.3 将提取的 PGADT7 质粒转入大肠杆菌中 | 第61页 |
5.1.7.4 测序 | 第61页 |
5.1.8 筛选出的阳性克隆功能分析 | 第61-62页 |
5.1.8.1 测序结果分析 | 第61页 |
5.1.8.2 实时荧光定量 PCR 筛选的基因低温下的表达分析 | 第61-62页 |
5.2 结果与分析 | 第62-67页 |
5.2.1 EgrZFP1 的启动子分析 | 第62-63页 |
5.2.1.1 EgrZFP1 的启动子克隆检测 | 第62页 |
5.2.1.2 顺式作用元件分析 | 第62-63页 |
5.2.2 Bait 菌株构建分析 | 第63-64页 |
5.2.2.1 200 bp 启动子片段克隆结果分析 | 第63页 |
5.2.2.2 酵母菌液 PCR 检测 Bait 菌株 | 第63-64页 |
5.2.3 Bait 菌株自激活检测分析 | 第64页 |
5.2.4 文库筛选结果分析 | 第64-66页 |
5.2.5 筛选出的基因的表达分析 | 第66-67页 |
5.3 讨论 | 第67-69页 |
第六章 结论 | 第69-70页 |
参考文献 | 第70-77页 |
附录 | 第77-79页 |
个人简介 | 第79-80页 |
致谢 | 第80页 |
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ABS2560359,这篇论文共80页
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