巨桉ZFP家族基因克隆和表达分析及EgrZFP1的调控因子筛选

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C2H2型锌指蛋白是最常见的转录因子之一,既能够参与调控植物的生长发育,也参与植物的抗逆境胁迫。植物中最早分离出的C2H2型锌指蛋白基因是矮牵牛的ZPT2-1,之后也陆续在拟南芥、棉花、大豆、水稻等植物中分离出了该类型的锌指蛋白基因。先前分离得到的C2H2型锌指蛋白基因主要是草本植物的,很少有木本植物。本研究通过同源克隆的方法从低温诱导的巨桉幼苗中克隆到7个C2H2型锌指蛋白基因,分别命名为EgrZFP1-7。它们编码的蛋白都属于C1类C2H2型锌指蛋白,由于都具有QALGGH基序,他们也属于Q型C2H2型锌指结构。除了EgrZFP2以外,其它六个预测蛋白都具有EAR基序。对EgrZFP1-7基因的表达分析表明,它们在根、茎、叶中都表达,除了EgrZFP4和EgrZFP6以外的其它5个基因在根、茎、叶中的表达量没有明显区别。EgrZFP4在根中表达量最高,而EgrZFP6在叶中表达量最低。不同逆境下,EgrZFP基因的表达分析表明:它们在低温下被诱导表达,2℃或4℃下的表达量最高。4℃不同时间处理下,EgrZFP1-6的表达量在48h时达到最高,然而EgrZFP7表现出了瞬时表达的特性。盐胁迫(NaCl,200mM)下,EgrZFP1-6表达量增加,而EgrZFP7的表达受到抑制。EgrZFP1-7基因都不受ABA(100μM)诱导表达,说明它们可能不通过ABA逆境响应途径发挥作用。这说明,在巨桉中EgrZFP1-7基因经由ABA非依赖型途径参与冷胁迫和盐胁迫响应。通过酵母单杂交实验筛选得到了EgrZFP1可能的转录因子:NAM保守结构域的NAC转录因子、β-半乳糖苷酶、ATP酶、水通道蛋白、光合作用相关蛋白和两个无功能注释蛋白。本研究对基因P3-1,4,5的表达分析,结果表明:表达NAC转录因子的P3-1基因在冷、盐胁迫下表达量增加,而干旱和ABA处理下表达量没有明显变化;P3-4,5的表达量在ABA、盐、冷胁迫下都没有明显变化,而在干旱下表达量增加。说明3个基因都是经由ABA非依赖型途径参与逆境胁迫响应。
摘要第4-5页
ABSTRACT第5页
目录第7-11页
引言第11-12页
第一章 文献综述第12-24页
    1.1 植物抵御非生物胁迫的分子机制研究现状第12-18页
        1.1.1 低温胁迫及其转录级联反应第12-15页
            1.1.1.1 依赖 CBF 的应答途径:ICE-CBF-COR 转录途径第12-15页
            1.1.1.2 非 CBF 依赖型途径第15页
        1.1.2 盐胁迫和离子信号第15-16页
        1.1.3 干旱胁迫和渗透信号第16-18页
            1.1.3.1 ABA 非依赖型调控机制第16页
            1.1.3.2 ABA 依赖型调控机制第16-17页
            1.1.3.3 逆境适应下信号传导交联机制第17-18页
    1.2 植物 C2H2 型锌指蛋白研究进展第18-20页
        1.2.1 C2H2 型锌指蛋白的结构特点和功能区第18-19页
        1.2.2 C2H2 型锌指蛋白的功能第19-20页
            1.2.2.1 C2H2 型锌指蛋白参与调控之物的生长发育第19页
            1.2.2.2 C2H2 型锌指蛋白参与植物抗逆反应第19-20页
    1.3 顺式作用元件及转录因子的研究方法第20-22页
        1.3.1 生物信息学分析与预测第20-21页
        1.3.2 突变分析法第21页
        1.3.3 凝胶阻滞法第21页
        1.3.4 DNase I 足迹法第21页
        1.3.5 酵母单杂交体系第21-22页
    1.4 技术路线第22-24页
第二章 巨桉 C2H2 型锌指蛋白基因 ZFP 家族的克隆第24-36页
    2.1 材料与方法第24-30页
        2.1.1 材料第24页
        2.1.2 试剂第24页
        2.1.3 仪器第24页
        2.1.4 桉树总 RNA 的提取第24页
        2.1.5 琼脂糖凝胶电泳检测 RNA第24-25页
        2.1.6 反转录 cDNA 第一链的合成第25-26页
        2.1.7 目的基因全长 cDNA 的分离第26-30页
            2.1.7.1 中间片段的扩增:第26-28页
            2.1.7.2 5 ' RACE 及 3' RACE第28页
            2.1.7.3 ZFP 序列的验证第28-29页
            2.1.7.4 凝胶回收第29页
            2.1.7.5 连接反应第29页
            2.1.7.6 大肠杆菌感受态细胞的制备及转化第29-30页
            2.1.7.7 序列测定第30页
            2.1.7.8 序列比较和分析第30页
    2.2 结果与分析第30-34页
        2.2.1 EgrZFP 基因的克隆第30-31页
        2.2.2 EgrZFP 蛋白的序列分析第31-34页
    2.3 讨论第34-36页
第三章 巨桉 EgrZFP 基因家族的表达分析第36-43页
    3.1 材料与方法第36-38页
        3.1.1 实验材料第36页
        3.1.2 试剂第36页
        3.1.3 材料的处理第36页
        3.1.4 总 RNA 的提取第36页
        3.1.5 EgrZFP 基因组织特异性表达分析第36-38页
        3.1.6 冷处理第38页
        3.1.7 ABA、干旱和盐处理第38页
        3.1.8 实时荧光定量 RT-PCR第38页
    3.2 结果与分析第38-41页
        3.2.1 巨桉不同器官中 EgrZFP1-7 的表达分析第38-39页
        3.2.2 EgrZFP1-7 在非生物胁迫下的表达分析第39-41页
    3.3 讨论第41-43页
第四章 酵母单杂交 cDNA 文库构建第43-53页
    4.1 材料与方法第43-49页
        4.1.1 材料第43页
        4.1.2 试剂第43页
        4.1.3 仪器第43页
        4.1.4 Total RNA 的提取第43页
        4.1.5 mRNA 的分离第43-44页
        4.1.6 cDNA 文库的构建第44-48页
            4.1.6.1 cDNA 第一链的合成第44页
            4.1.6.2 cDNA 第二链的合成第44-45页
            4.1.6.3 cDNA 与三框 attB1 重组接头连接第45页
            4.1.6.4 cDNA 分级分离及收集第45-46页
            4.1.6.5 BP 重组反应第46页
            4.1.6.6 电转化大肠杆菌 DH10B第46-47页
            4.1.6.7 cDNA 文库(Uncut 型)文库质量鉴定第47-48页
        4.1.7 酵母单杂交 cDNA 文库的构建第48-49页
            4.1.7.1 Uncut 文库的质粒抽提第48页
            4.1.7.2 文库质粒重组第48页
            4.1.7.3 电转化大肠杆菌 DH10B第48-49页
            4.1.7.4 酵母单杂交 cDNA 文库质量鉴定第49页
    4.2 结果与分析第49-52页
        4.2.1 总 RNA 质量检测第49-50页
        4.2.2 mRNA 的分离第50页
        4.2.3 初级 cDNA 文库质量检测第50-51页
            4.2.3.1 初级文库的库容量鉴定第50-51页
            4.2.3.2 重组率和插入片段长度鉴定第51页
        4.2.4 酵母单杂交文库质量检测第51-52页
            4.2.4.1 酵母单杂交文库的库容量鉴定第51-52页
            4.2.4.2 重组率和插入片段长度鉴定第52页
    4.3 讨论第52-53页
第五章 酵母单杂交系统筛选 EgrZFP1 的转录因子第53-69页
    5.1 材料与方法第53-62页
        5.1.1 实验试剂第53页
        5.1.2 启动子序列克隆及顺式作用元件分析第53-54页
            5.1.2.1 启动子序列克隆第53-54页
            5.1.2.2 启动子序列的验证第54页
            5.1.2.3 启动子中瞬时作用元件分析第54页
        5.1.3 获得 Bait-pAbAi 质粒第54-56页
            5.1.3.1 克隆得到 200bp 左右的启动子片段第54-55页
            5.1.3.2 重组得到 Bait-pAbAi 质粒第55-56页
        5.1.4 获取 Bait 酵母菌株第56-59页
            5.1.4.1 YPDA 培养基配制第56-57页
            5.1.4.2 酵母感受态细胞的制备第57页
            5.1.4.3 线性化 Bait-pAbAi 质粒第57-58页
            5.1.4.4 配制 PEG/LiAc 溶液第58页
            5.1.4.5 变性 Yeastmaker Carrier DNA第58页
            5.1.4.6 转化酵母感受态细胞第58页
            5.1.4.7 酵母菌液 PCR第58-59页
        5.1.5 Bait 菌株的自激活检测第59页
        5.1.6 转酵母单杂交文库质粒到 Bait 菌株中第59-60页
            5.1.6.1 用 Bait 菌株制备酵母感受态第59-60页
            5.1.6.2 变性 Yeastmaker Carrier DNA第60页
            5.1.6.3 转化酵母感受态细胞第60页
        5.1.7 筛选出的克隆的阳性分析第60-61页
            5.1.7.1 进一步验证酵母单克隆阳性第60页
            5.1.7.2 提取酵母中的 PGADT7 质粒第60-61页
            5.1.7.3 将提取的 PGADT7 质粒转入大肠杆菌中第61页
            5.1.7.4 测序第61页
        5.1.8 筛选出的阳性克隆功能分析第61-62页
            5.1.8.1 测序结果分析第61页
            5.1.8.2 实时荧光定量 PCR 筛选的基因低温下的表达分析第61-62页
    5.2 结果与分析第62-67页
        5.2.1 EgrZFP1 的启动子分析第62-63页
            5.2.1.1 EgrZFP1 的启动子克隆检测第62页
            5.2.1.2 顺式作用元件分析第62-63页
        5.2.2 Bait 菌株构建分析第63-64页
            5.2.2.1 200 bp 启动子片段克隆结果分析第63页
            5.2.2.2 酵母菌液 PCR 检测 Bait 菌株第63-64页
        5.2.3 Bait 菌株自激活检测分析第64页
        5.2.4 文库筛选结果分析第64-66页
        5.2.5 筛选出的基因的表达分析第66-67页
    5.3 讨论第67-69页
第六章 结论第69-70页
参考文献第70-77页
附录第77-79页
个人简介第79-80页
致谢第80页
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