鸡FADS2基因3UTR区多态性检测及其与经济性状关联性分析
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Δ6-脂肪酸脱氢酶基因(FADS2)是生成ω-3系和ω-6系多不饱和脂肪酸的限速酶,属于脂肪酸脱氢酶基因(FADS)家族成员。多不饱和脂肪酸决定细胞膜的流动性,能够促进动物生长发育,提高动物的产仔率和成活率,提高肉质风味,调节脂类代谢等。对于禽类,多不饱和脂肪酸含量是影响鸡肉风味的重要物质,通过克隆鸡的FADS2基因,我们发现禽类FADS2基因包含13个外显子,而人类为12个外显子,与哺乳动物的最大区别就是在其3’UTR区,在第12与13外显子中间插入一个内含子,而3’UTR区与mRNA的稳定性和mRNA的降解速率有很大的联系。有关鸡FADS2基因3’UTR区遗传变异的研究目前尚未见报道。因此,本研究在前期工作的基础上,首次对鸡FADS2基因3’UTR区的遗传变异进行了分析。首先选取固始鸡安卡鸡F2代资源群72只鸡的血样,构建混合DNA池,通过测序的方法,对鸡的FADS2基因3’UTR区变异位点进行筛选;同时通过生物信息学分析,发现FADS2基因3’UTR区存在一个微卫星变异。在此基础上,应用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术,对849只鸡FADS2基因3’UTR区的5个SNP位点A240G、G322C、G840A、T1167C和T192C以及微卫星位点进行群体遗传学分析,并用SPSS16.0分析这6个变异位点对鸡经济性状的影响。主要研究结果如下:(1)应用固始鸡安卡鸡F2代资源群构建DNA池,通过测序,发现3’UTR区存在25个多态位点。通过在GeneBank上搜索最新的鸡的3’UTR序列,通过软件DNAMAN对所查询的片段进行比对分析,发现在所克隆的鸡的3’UTR之后存在一个微卫星重复。(2)以鸡的3’UTR测序结果为基础,应用PCR-RFLP技术首次检测5个SNP位点A240G、G322C、G840A、T1167C和T192C,测序结果表明5个SNP位点分别为A/G突变、G/C突变、G/A突变、T/C突变和T/C突变。5个位点都有2个等位基因,3种基因型。遗传变异分析发现,A240G位点G是优势等位基因(0.68),优势基因型为AG型(0.56),多态信息含量(PIC)、杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)分别为0.34、0.44、1.77,属中度多态。G322C位点C是优势等位基因(0.68),优势基因型为GC型(0.56), PIC、He、Ne分别为0.34、0.43、1.76,属中度多态。T840A位点A为优势等位基因(0.68),优势基因型为AA型(0.46),PIC、He、Ne分别为0.34、0.44、1.77,属中度多态。T1167C位点C为优势等位基因(0.58),优势基因型为TC型(0.63),PIC、He、Ne分别为0.37、0.49、1.95,属中度多态。T192C位点C为优势等位基因(0.66),优势基因型为TC型(0.51),PIC、He、Ne分别为0.35、0.49、1.81,属中度多态。(3)应用PCR-SSCP技术首次检测通过分析所得的微卫星,测序结果表明此微卫星有2个等位基因,2种基因型。遗传变异分析发现,微卫星变异位点A为(0.96),优势基因型为AA型(0.91),PIC、He、Ne分别为0.08、0.08、1.09,属低度多态。(4)把检测到的5个SNP位点以及微卫星与经济性状相关的数据进行关联分析。结果表明,G322C与经济性状表现差异不显著,A240G位点突变与肝脏重、γ-谷氨酰转肽酶、碱性磷酸酶、乳酸脱氢酶、C14:0、C17:0和C22:3显著相关,T840A位点突变与肝脏重和腿肌剪切力显著相关,T1167位点突变与屠体重、心脏重、肝脏重和胸肌剪切力显著相关,T192C位点突变与心脏重、脾脏重、腿肌剪切力、胸肌剪切力、低密度脂蛋白和C20:1显著相关。微卫星位点与屠体性状中的心脏重和胸肌重显著相关,呈现出AA型>AB型的规律,表明AA型个体为优势基因型,此位点对鸡的肉质性状、血清生化指标及肌肉脂肪酸含量没有显著的效应。基于以上结果,可得出如下结论:(1)对鸡的3’UTR进行测序和生物信息学分析,发现了25个SNP位点和一个微卫星位点,说明鸡FADS2基因3’UTR区域遗传变异丰富,可能对基因表达以及转录后调控乃至表型产生较大的影响。(2)5个SNP位点中的A240G、T840A、T1167和T192C4个位点与鸡的若干经济性状显著相关,它们可以通过改变mRNA的稳定性和降解速率从而影响转录前和转录后调控,进而影响基因的表达以及相应的表型。这些多态位点可望作为分子标记用于育种中的辅助选择。
摘要 | 第6-8页 |
Abstract | 第8-10页 |
1 文献综述 | 第11-23页 |
1.1 FADS2 基因结构及表达调控 | 第11-14页 |
1.1.1 FADS2 基因的结构特征 | 第11-12页 |
1.1.2 FADS2 的结构及表达调节 | 第12-14页 |
1.2 Δ6 脂肪酸脱氢酶的生物学作用 | 第14-17页 |
1.2.1 对生长发育的作用 | 第14页 |
1.2.2 对脂类代谢的作用 | 第14-15页 |
1.2.3 对细胞膜功能的作用 | 第15页 |
1.2.4 对炎症反应及免疫机能的影响 | 第15-16页 |
1.2.5 提高动物的产仔率、成活率 | 第16页 |
1.2.6 对肿瘤有抑制作用 | 第16页 |
1.2.7 与心血管疾病相关 | 第16页 |
1.2.8 提高肉质风味 | 第16-17页 |
1.3 FADS2 基因的应用前景 | 第17页 |
1.4 单核苷酸多态性标记及 RFLP 分析 | 第17-20页 |
1.4.1 RFLP 的原理 | 第18-19页 |
1.4.2 RFLP 技术特点 | 第19页 |
1.4.3 限制性片段长度多态性技术的应用 | 第19-20页 |
1.4.4 限制性片段长度多态性技术的影响因素 | 第20页 |
1.5 微卫星 DNA(Microsatellite DNA)标记及其鉴定方法 | 第20-23页 |
1.5.1 微卫星分析鉴定 | 第21页 |
1.5.2 微卫星标记特点 | 第21页 |
1.5.3 微卫星技术的应用 | 第21-23页 |
2 引言 | 第23-24页 |
3 鸡 FADS2 基因 3’UTR 区多态位点的检测与分析 | 第24-55页 |
3.1 样本材料 | 第24-27页 |
3.1.1 试验动物选择 | 第24页 |
3.1.2 血样采集 | 第24页 |
3.1.3 资源家系的组建 | 第24-25页 |
3.1.4 主要试剂 | 第25页 |
3.1.5 实验仪器 | 第25-26页 |
3.1.6 常用试剂配制 | 第26页 |
3.1.7 主要生物信息学程序及统计软件 | 第26-27页 |
3.2 方法 | 第27-31页 |
3.2.1 基因组 DNA 的提取 | 第27页 |
3.2.2 琼脂糖凝胶电泳检测 DNA | 第27页 |
3.2.3 鸡 FADS2 基因 3’UTR 区 SNPs 的分析 | 第27-29页 |
3.2.4 实验数据的统计分析 | 第29-31页 |
3.3 结果与分析 | 第31-51页 |
3.3.1 混合 DNA 测序的结果 | 第31页 |
3.3.2 各位点 PCR 扩增结果 | 第31-32页 |
3.3.3 鸡 FADS2 基因 SNP 位点 RFLP 分型及测序 | 第32-35页 |
3.3.4 鸡 FADS2 基因 SNP 的遗传特征分析 | 第35-38页 |
3.3.5 FADS2 基因型与资源群经济性状关联分析结果 | 第38-51页 |
3.4 讨论 | 第51-54页 |
3.4.1 SNP 位点在群体内的遗传变异分析 | 第51-53页 |
3.4.2 基因多态性的生物学作用 | 第53-54页 |
3.5 小结 | 第54-55页 |
4 鸡 FADS2 基因微卫星多态性检测与分析 | 第55-63页 |
4.1 材料与方法 | 第55-56页 |
4.1.1 样本材料 | 第55页 |
4.1.2 方法 | 第55-56页 |
4.2 结果与分析 | 第56-60页 |
4.2.1 FADS23’UTR 区微卫星位点 PCR 扩增产物的检测及 PAGE 凝胶电泳 | 第56-57页 |
4.2.2 群体内遗传变异分析 | 第57-58页 |
4.2.3 FADS2 基因型与资源群经济性状关联分析结果 | 第58-60页 |
4.3 讨论 | 第60-62页 |
4.3.1 微卫星基因型判型 | 第60-62页 |
4.3.2 微卫星多态性与生产性能的关系 | 第62页 |
4.4 小结 | 第62-63页 |
5 结论及进一步研究内容 | 第63-64页 |
5.1 结论 | 第63页 |
5.2 进一步研究内容 | 第63-64页 |
参考文献 | 第64-71页 |
致谢 | 第71-72页 |
英文缩写词 | 第72-73页 |
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