牦牛A-FABP、H-FABP基因多态性及与胴体和肉质性状关联性分析

A-FABP和H-FABP蛋白属脂肪酸结合蛋白超家族（FABPs），参与调节哺乳动物细胞内脂肪浓度，进而影响肌肉内脂肪含量(IMF)；H-FABP和A-FABP基因为肌内脂肪沉积的候选基因，对牛肉品质有重要作用。本研究采用PCR-SSCP技术检测甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、野血牦牛及黄牛A-FABP和H-FABP基因部分区段单核苷酸多态性(SNPs)，分析其分子遗传特征；运用最小二乘法分析A-FABP和H-FABP基因多态性对甘南牦牛部分肉用性状的影响，探讨其作为甘南牦牛胴体及肉质性状候选基因的可能性。主要研究结论如下：甘南牦牛、青海牦牛和天祝白牦牛A-FABP基因引物扩增区域发现5种等位基因A-E；同普通牛A-FABP基因序列比对发现6处SNPs，其中第4外显子区存在c.4222A>G的同义突变；3’-UTR区c.*94T>A突变仅存在于牦牛群体中，是其区别于普通牛的遗传特征之一；牦牛群体间各等位基因频率差异较大，其中天祝白牦牛只发现3种等位基因，而青海牦牛发现4种等位基因，这可能与牦牛类群的地域分布及选育程度有关。基因型与甘南牦牛胴体及肉质性状的关联性分析表明，2.5-3岁甘南牦牛AA型个体胴体重显著高于AC型(P<0.05)，4.5-5岁AA型嫩度极显著高于BB型（P<0.01），AA型胴体重显著高于AB型（P<0.05）。A-FABP基因突变可作为牦牛胴体及肉质性状潜在分子标记位点。甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛、野血牦牛及黄牛H-FABP基因引物扩增区域发现3种等位基因A-C，与等位基因A比对，5’-UTR区存在c.17-2C>T的颠换，等位基因C在第1内含子还存在c.17+120G>A的转换。基因型与甘南牦牛胴体及肉质性状关联分析表明，3-3.5岁甘南牦牛BB型个体眼肌面积显著高于AA型（P<0.05）；4.5-5岁AB型胴体重极显著（P<0.01）和显著（P<0.05）高于AA型、BB型和BC型，眼肌面积分别极显著（P<0.01）和显著（P<0.05）高于AA型，AA型熟肉率显著高于AB型（P<0.05），BC型眼肌面积极显著高于AA型（P<0.01）。H-FABP基因突变也可作为牦牛胴体及肉质性状潜在的分子标记位点。应用PCR产物混合样本DNA池法检测甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性并进行生物信息学分析。与普通牛比对，甘南牦牛H-FABP基因第3外显子存在*76G>A的同义突变；H-FABP基因编码产物二级结构是以α-螺旋和β-折叠为主的mixed型，氨基酸序列没有明显的疏水性区域，也未形成跨膜螺旋区及信号肽，推测主要在细胞质中发挥生物学作用。