中国绿豆种质资源遗传多样性分析及初选核心种质构建

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绿豆(Vigna radiate)是我国主要食用豆类作物,全国各地都有种植,其出口量居世界首位。我国绿豆资源丰富,种类繁多,然而,在我国绿豆一直被视为小作物,研究水平远落后于水稻、小麦、玉米、大豆等主要作物。为研究中国绿豆种质资源的遗传多样性分布规律,构建绿豆核心种质及筛选多态性SSR、STS标记,本研究以5072份国内绿豆资源为实验材料,利用常规方法及分子标记技术进行分析,旨在为绿豆种质资源保护,优异基因资源发掘利用和遗传研究奠定基础。1.研究发现,我国绿豆种质资源分布在约28个纬度、60个经度内,其中29~41°N×107~123°E范围内分布最多,占资源总数的75.99%。6个质量性状中荚色的遗传多样性指数最高,而8个数量性状中百粒重的遗传多样性指数最高。35~37°N×111~115°E、37~39°N×111~115°E、39~41°N×115~119°E、41~43°N×115~119°E 4个小区平均遗传多样性指数较高,初步推断中国绿豆资源遗传多样性中心在35~43°N×111~119°E范围内。2.根据14个农艺性状,用13种方法构建绿豆初选核心种质,通过对2种分组方法、3种确定取样数法和2种个体选择法进行比较,结果表明,聚类选择取样优于随机取样;按照性状群分组优于按省分组;多样性指数法确定取样数优于平方根法和比例法。最终经性状群分组,利用多样性指数确定取样数,聚类选择个体,构建起包含719份绿豆种质的初选核心种质,取样比例为14.2%,性状符合度达100%。3.从719份初选核心种质中选出12份农艺性状差异较大的绿豆种质,对41对绿豆SSR引物,28对绿豆(Vigna radiate)STS引物,8对小豆(Vigna angularis)SSR引物、27对豇豆(Vignaunguiculata)SSR引物和24对菜豆(Phaseolus vulgaris)SSR引物进行筛选,结果表明绿豆SSR引物的有效扩增率最高,为85.4%;菜豆SSR引物的有效扩增率最低,为37.5%。最终获得10对可用于绿豆遗传多样性分析的多态性引物,其中绿豆SSR引物6对,绿豆STS引物2对,豇豆SSR引物1对,菜豆SSR引物1对。利用这些多态性引物分析初选核心种质中的192份绿豆种质,共检测到47个等位变异,平均每对引物5.9个,聚类分析可以将南方种质和北方种质分成不同的亚类。
摘要第6-7页
Abstract第7页
第一章 引言第10-21页
    1.1 绿豆种质资源的利用现状及研究进展第10-13页
        1.1.1 绿豆起源与演化第10页
        1.1.2 国内外生产概况第10-11页
        1.1.3 国内外研究进展第11-13页
    1.2 遗传多样性研究进展第13-16页
        1.2.1 从形态学水平分析遗传多样性第13-14页
        1.2.2 从细胞学水平分析遗传多样性第14页
        1.2.3 从同工酶水平分析遗传多样性第14页
        1.2.4 从 DNA 水平分析遗传多样性第14-16页
    1.3 核心种质研究进展第16-20页
        1.3.1 数据的收集整理第17页
        1.3.2 种质资源的分组第17-18页
        1.3.3 核心样品的取样策略第18-19页
        1.3.4 取样比例的确定第19-20页
        1.3.5 核心种质的代表性评价第20页
    1.4 研究目的和意义第20-21页
第二章 中国绿豆种质资源遗传多样性分析第21-29页
    2.1 材料和方法第21-22页
        2.1.1 材料第21页
        2.1.2 方法第21-22页
            2.1.2.1 质量性状赋值第21-22页
            2.1.2.2 数量性状类型划分第22页
            2.1.2.3 小区划分第22页
            2.1.2.4 遗传多样性指数计算第22页
    2.2 结果与分析第22-28页
        2.2.1 中国绿豆种质资源的地理分布第22-24页
        2.2.2 中国绿豆种质资源的遗传多样性第24-27页
        2.2.3 遗传多样性的地理分布第27-28页
    2.3 讨论与小结第28-29页
第三章 中国绿豆种质资源初选核心种质构建第29-37页
    3.1 材料和方法第29-32页
        3.1.1 材料第29页
        3.1.2 方法第29-32页
            3.1.2.1 数据处理第29-30页
            3.1.2.2 聚类分析第30页
            3.1.2.3 有关计算公式第30页
            3.1.2.4 用13种取样方法构建初选核心样本第30-32页
    3.2 结果与分析第32-35页
        3.2.1 不同取样方法的比较第32-34页
            3.2.1.1 不同取样方法品种间平均相似系数比较第32页
            3.2.1.2 不同取样方法性状符合度比较第32页
            3.2.1.3 不同取样方法与总资源的数量性状变异系数比较第32-33页
            3.2.1.4 不同取样方法与总资源的遗传多样性指数比较第33-34页
            3.2.1.5 不同取样方法的综合比较第34页
        3.2.2 核心种质评价第34-35页
    3.3 讨论与小结第35-37页
第四章 用于绿豆种质资源遗传多样性分析的 SSR 及 STS 标记的筛选第37-50页
    4.1 材料与方法第37-45页
        4.1.1 材料第37-42页
        4.1.2 方法第42-45页
            4.1.2.1 DNA 提取第42-43页
            4.1.2.2 PCR 扩增第43页
            4.1.2.3 扩增产物的检测第43-44页
            4.1.2.4 退火温度、反应物质浓度筛选第44页
            4.1.2.5 多态性引物筛选第44-45页
    4.2 结果与分析第45-47页
        4.2.1 各种引物的扩增状况分析第45-46页
        4.2.2 多态性引物分析第46-47页
    4.3 遗传多样性分析第47-48页
    4.4 讨论与小结第48-50页
第五章 全文总结第50-51页
参考文献第51-57页
致谢第57-58页
作者简历第58页
研究生期间发表或待投论文第58页
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