中国绿豆种质资源遗传多样性分析及初选核心种质构建
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绿豆(Vigna radiate)是我国主要食用豆类作物,全国各地都有种植,其出口量居世界首位。我国绿豆资源丰富,种类繁多,然而,在我国绿豆一直被视为小作物,研究水平远落后于水稻、小麦、玉米、大豆等主要作物。为研究中国绿豆种质资源的遗传多样性分布规律,构建绿豆核心种质及筛选多态性SSR、STS标记,本研究以5072份国内绿豆资源为实验材料,利用常规方法及分子标记技术进行分析,旨在为绿豆种质资源保护,优异基因资源发掘利用和遗传研究奠定基础。1.研究发现,我国绿豆种质资源分布在约28个纬度、60个经度内,其中29~41°N×107~123°E范围内分布最多,占资源总数的75.99%。6个质量性状中荚色的遗传多样性指数最高,而8个数量性状中百粒重的遗传多样性指数最高。35~37°N×111~115°E、37~39°N×111~115°E、39~41°N×115~119°E、41~43°N×115~119°E 4个小区平均遗传多样性指数较高,初步推断中国绿豆资源遗传多样性中心在35~43°N×111~119°E范围内。2.根据14个农艺性状,用13种方法构建绿豆初选核心种质,通过对2种分组方法、3种确定取样数法和2种个体选择法进行比较,结果表明,聚类选择取样优于随机取样;按照性状群分组优于按省分组;多样性指数法确定取样数优于平方根法和比例法。最终经性状群分组,利用多样性指数确定取样数,聚类选择个体,构建起包含719份绿豆种质的初选核心种质,取样比例为14.2%,性状符合度达100%。3.从719份初选核心种质中选出12份农艺性状差异较大的绿豆种质,对41对绿豆SSR引物,28对绿豆(Vigna radiate)STS引物,8对小豆(Vigna angularis)SSR引物、27对豇豆(Vignaunguiculata)SSR引物和24对菜豆(Phaseolus vulgaris)SSR引物进行筛选,结果表明绿豆SSR引物的有效扩增率最高,为85.4%;菜豆SSR引物的有效扩增率最低,为37.5%。最终获得10对可用于绿豆遗传多样性分析的多态性引物,其中绿豆SSR引物6对,绿豆STS引物2对,豇豆SSR引物1对,菜豆SSR引物1对。利用这些多态性引物分析初选核心种质中的192份绿豆种质,共检测到47个等位变异,平均每对引物5.9个,聚类分析可以将南方种质和北方种质分成不同的亚类。
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 引言 | 第10-21页 |
| 1.1 绿豆种质资源的利用现状及研究进展 | 第10-13页 |
| 1.1.1 绿豆起源与演化 | 第10页 |
| 1.1.2 国内外生产概况 | 第10-11页 |
| 1.1.3 国内外研究进展 | 第11-13页 |
| 1.2 遗传多样性研究进展 | 第13-16页 |
| 1.2.1 从形态学水平分析遗传多样性 | 第13-14页 |
| 1.2.2 从细胞学水平分析遗传多样性 | 第14页 |
| 1.2.3 从同工酶水平分析遗传多样性 | 第14页 |
| 1.2.4 从 DNA 水平分析遗传多样性 | 第14-16页 |
| 1.3 核心种质研究进展 | 第16-20页 |
| 1.3.1 数据的收集整理 | 第17页 |
| 1.3.2 种质资源的分组 | 第17-18页 |
| 1.3.3 核心样品的取样策略 | 第18-19页 |
| 1.3.4 取样比例的确定 | 第19-20页 |
| 1.3.5 核心种质的代表性评价 | 第20页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第20-21页 |
| 第二章 中国绿豆种质资源遗传多样性分析 | 第21-29页 |
| 2.1 材料和方法 | 第21-22页 |
| 2.1.1 材料 | 第21页 |
| 2.1.2 方法 | 第21-22页 |
| 2.1.2.1 质量性状赋值 | 第21-22页 |
| 2.1.2.2 数量性状类型划分 | 第22页 |
| 2.1.2.3 小区划分 | 第22页 |
| 2.1.2.4 遗传多样性指数计算 | 第22页 |
| 2.2 结果与分析 | 第22-28页 |
| 2.2.1 中国绿豆种质资源的地理分布 | 第22-24页 |
| 2.2.2 中国绿豆种质资源的遗传多样性 | 第24-27页 |
| 2.2.3 遗传多样性的地理分布 | 第27-28页 |
| 2.3 讨论与小结 | 第28-29页 |
| 第三章 中国绿豆种质资源初选核心种质构建 | 第29-37页 |
| 3.1 材料和方法 | 第29-32页 |
| 3.1.1 材料 | 第29页 |
| 3.1.2 方法 | 第29-32页 |
| 3.1.2.1 数据处理 | 第29-30页 |
| 3.1.2.2 聚类分析 | 第30页 |
| 3.1.2.3 有关计算公式 | 第30页 |
| 3.1.2.4 用13种取样方法构建初选核心样本 | 第30-32页 |
| 3.2 结果与分析 | 第32-35页 |
| 3.2.1 不同取样方法的比较 | 第32-34页 |
| 3.2.1.1 不同取样方法品种间平均相似系数比较 | 第32页 |
| 3.2.1.2 不同取样方法性状符合度比较 | 第32页 |
| 3.2.1.3 不同取样方法与总资源的数量性状变异系数比较 | 第32-33页 |
| 3.2.1.4 不同取样方法与总资源的遗传多样性指数比较 | 第33-34页 |
| 3.2.1.5 不同取样方法的综合比较 | 第34页 |
| 3.2.2 核心种质评价 | 第34-35页 |
| 3.3 讨论与小结 | 第35-37页 |
| 第四章 用于绿豆种质资源遗传多样性分析的 SSR 及 STS 标记的筛选 | 第37-50页 |
| 4.1 材料与方法 | 第37-45页 |
| 4.1.1 材料 | 第37-42页 |
| 4.1.2 方法 | 第42-45页 |
| 4.1.2.1 DNA 提取 | 第42-43页 |
| 4.1.2.2 PCR 扩增 | 第43页 |
| 4.1.2.3 扩增产物的检测 | 第43-44页 |
| 4.1.2.4 退火温度、反应物质浓度筛选 | 第44页 |
| 4.1.2.5 多态性引物筛选 | 第44-45页 |
| 4.2 结果与分析 | 第45-47页 |
| 4.2.1 各种引物的扩增状况分析 | 第45-46页 |
| 4.2.2 多态性引物分析 | 第46-47页 |
| 4.3 遗传多样性分析 | 第47-48页 |
| 4.4 讨论与小结 | 第48-50页 |
| 第五章 全文总结 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-57页 |
| 致谢 | 第57-58页 |
| 作者简历 | 第58页 |
| 研究生期间发表或待投论文 | 第58页 |
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