致谢 | 第5-6页 |
摘要 | 第6-8页 |
Abstract | 第8-9页 |
缩写和符号清单 | 第16-18页 |
文献综述 DNA甲基化与雌性动物初情期的关系 | 第18-25页 |
1 初情期的基因调控 | 第18-19页 |
2 DNA甲基转移酶与甲基结合蛋白 | 第19-20页 |
2.1 DNA甲基转移酶 | 第19页 |
2.2 甲基化结合蛋白 | 第19-20页 |
3 DNA甲基化与CpG岛 | 第20-21页 |
4 DNA甲基化与性早熟 | 第21页 |
5 相关基因甲基化对初情期的影响 | 第21-24页 |
5.1 KISS1基因甲基化与初情期的关系 | 第21-22页 |
5.2 GnRH基因甲基化与初情期的关系 | 第22-23页 |
5.3 其他基因 | 第23-24页 |
6 展望 | 第24页 |
7 本研究的目的与意义 | 第24-25页 |
引言 | 第25-26页 |
1 材料方法 | 第26-37页 |
1.1 主要试剂和仪器 | 第26-27页 |
1.1.1 主要试剂 | 第26页 |
1.1.2 主要仪器 | 第26-27页 |
1.1.3 试验所需溶液的配置 | 第27页 |
1.2 试验动物 | 第27-28页 |
1.2.1 山羊 | 第27页 |
1.2.2 大鼠 | 第27-28页 |
1.3 初情期观察 | 第28页 |
1.3.1 发情症状观察 | 第28页 |
1.4 组织样品的采集与处理 | 第28页 |
1.5 卵巢的组织学观察 | 第28-29页 |
1.5.1 组织固定 | 第28页 |
1.5.2 石蜡包埋 | 第28页 |
1.5.3 切片、烘片 | 第28-29页 |
1.5.4 HE染色 | 第29页 |
1.6 下丘脑原代神经细胞培养 | 第29页 |
1.7 siRNA细胞转染 | 第29页 |
1.8 下丘脑总RNA提取 | 第29-30页 |
1.8.1 下丘脑组织总RNA提取 | 第29-30页 |
1.8.2 下丘脑神经细胞总RNA提取 | 第30页 |
1.9 反转录合成cDNA | 第30-31页 |
1.10 PCR引物设计及验证 | 第31-33页 |
1.11 实时荧光定量PCR | 第33页 |
1.12 下丘脑总DNA的提取及质量检测 | 第33页 |
1.13 文库构建和测序 | 第33-34页 |
1.14 生物信息学分析 | 第34-36页 |
1.14.1 质量监控 | 第34-35页 |
1.14.2 基因组比对 | 第35页 |
1.14.3 甲基化水平评估 | 第35页 |
1.14.4 甲基化差异区域分析 | 第35页 |
1.14.5 GO和KEGG通路富集分析 | 第35-36页 |
1.15 统计分析 | 第36-37页 |
2 结果 | 第37-61页 |
2.1 初情期鉴定 | 第37页 |
2.2 下丘脑DNMTs、MBPsmRNA在初情期前及初情期表达水平变化 | 第37-38页 |
2.3 测序数据质量鉴定 | 第38-41页 |
2.3.1 测序错误率分布 | 第38-40页 |
2.3.2 原始数据过滤 | 第40-41页 |
2.4 参考序列比对分析 | 第41-43页 |
2.4.1 Reads与参考基因组比对情况统计 | 第41页 |
2.4.2 测序深度和覆盖度统计 | 第41-43页 |
2.5 全基因组甲基化水平及密度分析 | 第43-47页 |
2.5.1 全基因组甲基化情况 | 第43-45页 |
2.5.2 全基因组甲基化水平分析 | 第45-46页 |
2.5.3 全基因组甲基化密度分析 | 第46-47页 |
2.6 染色体甲基化水平及密度分析 | 第47-50页 |
2.6.1 染色体甲基化水平分析 | 第47-48页 |
2.6.2 染色体甲基化密度分析 | 第48-50页 |
2.7 基因组功能区域甲基化水平及密度分析 | 第50-52页 |
2.7.1 基因组功能区域甲基化水平分析 | 第50-51页 |
2.7.2 基因组功能区域甲基化密度分析 | 第51-52页 |
2.8 甲基化差异区域分析 | 第52-54页 |
2.8.1 DMR长度分布 | 第52-53页 |
2.8.2 DMR甲基化水平 | 第53-54页 |
2.9 DMR相关基因富集分析 | 第54-56页 |
2.9.1 DMR相关基因 | 第54-55页 |
2.9.2 DMR相关基因通路富集分析 | 第55-56页 |
2.10 候选基因在初情期前及初情期表达变化 | 第56-58页 |
2.10.1 候选基因的筛选 | 第56-57页 |
2.10.2 候选基因的mRNA表达变化 | 第57-58页 |
2.11 GRID1基因干扰 | 第58-61页 |
2.11.1 siRNA干扰鉴定 | 第58-59页 |
2.11.2 siRNA的筛选 | 第59页 |
2.11.3 GRID1干扰结果 | 第59-61页 |
3 讨论 | 第61-65页 |
3.1 DNMTs、MBPsmRNA在初情期前和初情期表达变化 | 第61-62页 |
3.2 初情期前和初情期甲基化水平分析 | 第62-63页 |
3.3 DMR与甲基化差异基因 | 第63-64页 |
3.4 GRID1参与GnRH调控 | 第64-65页 |
4 结论 | 第65-66页 |
参考文献 | 第66-71页 |
附录A | 第71-82页 |
作者简历 | 第82-83页 |