DNA甲基化对雌性山羊初情期启动的影响

初情期论文 DNA甲基化论文 山羊论文
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致谢第5-6页
摘要第6-8页
Abstract第8-9页
缩写和符号清单第16-18页
文献综述 DNA甲基化与雌性动物初情期的关系第18-25页
    1 初情期的基因调控第18-19页
    2 DNA甲基转移酶与甲基结合蛋白第19-20页
        2.1 DNA甲基转移酶第19页
        2.2 甲基化结合蛋白第19-20页
    3 DNA甲基化与CpG岛第20-21页
    4 DNA甲基化与性早熟第21页
    5 相关基因甲基化对初情期的影响第21-24页
        5.1 KISS1基因甲基化与初情期的关系第21-22页
        5.2 GnRH基因甲基化与初情期的关系第22-23页
        5.3 其他基因第23-24页
    6 展望第24页
    7 本研究的目的与意义第24-25页
引言第25-26页
1 材料方法第26-37页
    1.1 主要试剂和仪器第26-27页
        1.1.1 主要试剂第26页
        1.1.2 主要仪器第26-27页
        1.1.3 试验所需溶液的配置第27页
    1.2 试验动物第27-28页
        1.2.1 山羊第27页
        1.2.2 大鼠第27-28页
    1.3 初情期观察第28页
        1.3.1 发情症状观察第28页
    1.4 组织样品的采集与处理第28页
    1.5 卵巢的组织学观察第28-29页
        1.5.1 组织固定第28页
        1.5.2 石蜡包埋第28页
        1.5.3 切片、烘片第28-29页
        1.5.4 HE染色第29页
    1.6 下丘脑原代神经细胞培养第29页
    1.7 siRNA细胞转染第29页
    1.8 下丘脑总RNA提取第29-30页
        1.8.1 下丘脑组织总RNA提取第29-30页
        1.8.2 下丘脑神经细胞总RNA提取第30页
    1.9 反转录合成cDNA第30-31页
    1.10 PCR引物设计及验证第31-33页
    1.11 实时荧光定量PCR第33页
    1.12 下丘脑总DNA的提取及质量检测第33页
    1.13 文库构建和测序第33-34页
    1.14 生物信息学分析第34-36页
        1.14.1 质量监控第34-35页
        1.14.2 基因组比对第35页
        1.14.3 甲基化水平评估第35页
        1.14.4 甲基化差异区域分析第35页
        1.14.5 GO和KEGG通路富集分析第35-36页
    1.15 统计分析第36-37页
2 结果第37-61页
    2.1 初情期鉴定第37页
    2.2 下丘脑DNMTs、MBPsmRNA在初情期前及初情期表达水平变化第37-38页
    2.3 测序数据质量鉴定第38-41页
        2.3.1 测序错误率分布第38-40页
        2.3.2 原始数据过滤第40-41页
    2.4 参考序列比对分析第41-43页
        2.4.1 Reads与参考基因组比对情况统计第41页
        2.4.2 测序深度和覆盖度统计第41-43页
    2.5 全基因组甲基化水平及密度分析第43-47页
        2.5.1 全基因组甲基化情况第43-45页
        2.5.2 全基因组甲基化水平分析第45-46页
        2.5.3 全基因组甲基化密度分析第46-47页
    2.6 染色体甲基化水平及密度分析第47-50页
        2.6.1 染色体甲基化水平分析第47-48页
        2.6.2 染色体甲基化密度分析第48-50页
    2.7 基因组功能区域甲基化水平及密度分析第50-52页
        2.7.1 基因组功能区域甲基化水平分析第50-51页
        2.7.2 基因组功能区域甲基化密度分析第51-52页
    2.8 甲基化差异区域分析第52-54页
        2.8.1 DMR长度分布第52-53页
        2.8.2 DMR甲基化水平第53-54页
    2.9 DMR相关基因富集分析第54-56页
        2.9.1 DMR相关基因第54-55页
        2.9.2 DMR相关基因通路富集分析第55-56页
    2.10 候选基因在初情期前及初情期表达变化第56-58页
        2.10.1 候选基因的筛选第56-57页
        2.10.2 候选基因的mRNA表达变化第57-58页
    2.11 GRID1基因干扰第58-61页
        2.11.1 siRNA干扰鉴定第58-59页
        2.11.2 siRNA的筛选第59页
        2.11.3 GRID1干扰结果第59-61页
3 讨论第61-65页
    3.1 DNMTs、MBPsmRNA在初情期前和初情期表达变化第61-62页
    3.2 初情期前和初情期甲基化水平分析第62-63页
    3.3 DMR与甲基化差异基因第63-64页
    3.4 GRID1参与GnRH调控第64-65页
4 结论第65-66页
参考文献第66-71页
附录A第71-82页
作者简历第82-83页
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